SARS-CoV-2 surveillance in Italy through phylogenomic inferences based on Hamming distances derived from pan-SNPs, -MNPs and -InDels

por Di Pasquale, Adriano, Radomski, Nicolas, Mangone, Iolanda, Calistri, Paolo, Lorusso, Alessio, Cammà, Cesare
Publicado 2021

ReporTree: a surveillance-oriented tool to strengthen the linkage between pathogen genetic clusters and epidemiological data

por Mixão, Verónica, Pinto, Miguel, Sobral, Daniel, Di Pasquale, Adriano, Gomes, João Paulo, Borges, Vítor
Publicado 2023

Harmonization of supervised machine learning practices for efficient source attribution of Listeria monocytogenes based on genomic data

por Castelli, Pierluigi, De Ruvo, Andrea, Bucciacchio, Andrea, D’Alterio, Nicola, Cammà, Cesare, Di Pasquale, Adriano, Radomski, Nicolas
Publicado 2023

One health system supporting surveillance during COVID-19 epidemic in Abruzzo region, southern Italy

por Di Lorenzo, Alessio, Mangone, Iolanda, Colangeli, Patrizia, Cioci, Daniela, Curini, Valentina, Vincifori, Giacomo, Mercante, Maria Teresa, Di Pasquale, Adriano, Iannetti, Simona
Publicado 2022

New Sequence Types and Antimicrobial Drug–Resistant Strains of Streptococcus suis in Diseased Pigs, Italy, 2017–2019

por Cucco, Lucilla, Paniccià, Marta, Massacci, Francesca Romana, Morelli, Alessandra, Ancora, Massimo, Mangone, Iolanda, Di Pasquale, Adriano, Luppi, Andrea, Vio, Denis, Cammà, Cesare, Magistrali, Chiara Francesca
Publicado 2022

In vitro and in silico parameters for precise cgMLST typing of Listeria monocytogenes

por Palma, Federica, Mangone, Iolanda, Janowicz, Anna, Moura, Alexandra, Chiaverini, Alexandra, Torresi, Marina, Garofolo, Giuliano, Criscuolo, Alexis, Brisse, Sylvain, Di Pasquale, Adriano, Cammà, Cesare, Radomski, Nicolas
Publicado 2022

Draft Genome Sequences of 19 Salmonella enterica Serovar Typhimurium [4,5:i:−] Strains Resistant to Nalidixic Acid from a Long-Term Outbreak in Italy

por Orsini, Massimiliano, Mangone, Iolanda, DiPasquale, Adriano, Perticara, Samuel, Sacchini, Lorena, Cito, Francesca, Iannetti, Simona, Marcacci, Maurilia, Ancora, Massimo, Calistri, Paolo, Di Giannatale, Elisabetta, Cammà, Cesare
Publicado 2015

Draft Genome Sequence of Listeria monocytogenes Serovar 1/2a Strain IZSAM_Lm_14-16064, Isolated from an Italian Cooked Ham in 2014

por Di Lollo, Valeria, Orsini, Massimiliano, Acciari, Vicdalia, Cammà, Cesare, Centorame, Patrizia, Centorotola, Gabriella, Curini, Valentina, Di Pasquale, Adriano, Rinaldi, Antonio, Pongolini, Stefano, Torresi, Marina, Pomilio, Francesco
Publicado 2020

Whole Genome Sequencing Characterization of HEV3-e and HEV3-f Subtypes among the Wild Boar Population in the Abruzzo Region, Italy: First Report

por Aprea, Giuseppe, Scattolini, Silvia, D’Angelantonio, Daniela, Chiaverini, Alexandra, Di Lollo, Valeria, Olivieri, Sabrina, Marcacci, Maurilia, Mangone, Iolanda, Salucci, Stefania, Antoci, Salvatore, Cammà, Cesare, Di Pasquale, Adriano, Migliorati, Giacomo, Pomilio, Francesco
Publicado 2020

Whole-Genome Sequence of Listeria monocytogenes Serovar 1/2a Strain IZSAM_Lm_15_17439_A144, Representative of a Human Outbreak in 2008

por Orsini, Massimiliano, Ordinelli, Alessandra, Cornacchia, Alessandra, Acciari, Vicdalia, Centorame, Patrizia, Torresi, Marina, Pompei, Antonella, Marcacci, Maurilia, Ancora, Massimo, Di Domenico, Marco, Perticara, Samuel, Cammà, Cesare, Di Pasquale, Adriano, Gattuso, Antonietta, Gianfranceschi, Monica, Pomilio, Francesco
Publicado 2019

Evaluation of next generation sequencing approaches for SARS-CoV-2

por Curini, Valentina, Ancora, Massimo, Jurisic, Lucija, Di Lollo, Valeria, Secondini, Barbara, Mincarelli, Luana Fiorella, Caporale, Marialuigia, Puglia, Ilaria, Di Gialleonardo, Luigina, Mangone, Iolanda, Di Domenico, Marco, Di Pasquale, Adriano, Lorusso, Alessio, Marcacci, Maurilia, Cammà, Cesare
Publicado 2023

SARS-CoV-2 excretion kinetics in nasopharyngeal and stool samples from the pediatric population

por Khemiri, Haifa, Gdoura, Mariem, Ben Halima, Samar, Krichen, Henda, Cammà, Cesare, Lorusso, Alessio, Ancora, Massimo, Di Pasquale, Adriano, Cherni, Asma, Touzi, Henda, Sadraoui, Amel, Meddeb, Zina, Hogga, Nahed, Ammi, Radhia, Triki, Henda, Haddad-Boubaker, Sondes
Publicado 2023

Whole-Genome Sequence of a Reemerging Listeria monocytogenes Serovar 1/2a Strain in Central Italy

por Orsini, Massimiliano, Torresi, Marina, Patavino, Claudio, Centorame, Patrizia, Rinaldi, Antonio, Acciari, Vicdalia Aniela, Centorotola, Gabriella, Marcacci, Maurilia, Ancora, Massimo, Di Domenico, Marco, Blasi, Giuliana, Duranti, Anna, Perticara, Samuel, Di Pasquale, Adriano, Cammà, Cesare, Pomilio, Francesco, Migliorati, Giacomo
Publicado 2018

Full Genome Characterization of Respiratory Syncytial Virus Causing a Fatal Infection in an Immunocompromised Patient in Tunisia

por Curini, Valentina, Marcacci, Maurilia, Abid, Salma, Ouederni, Monia, ElMoussi, Awatef, Charaa, Latifa, Achour, Wafa, Ouhichi, Ramzi, Maazaoui, Latifa, Di Pasquale, Adriano, ElGhord, Hakim, Gzara, Ahlem, Ripani, Alessandro, Di Giallonardo, Francesca, Cammà, Cesare, Lorusso, Alessio, Boubaker, Ilhem Boutiba-Ben
Publicado 2022

A “One-Health” approach for diagnosis and molecular characterization of SARS-CoV-2 in Italy

por Lorusso, Alessio, Calistri, Paolo, Mercante, Maria Teresa, Monaco, Federica, Portanti, Ottavio, Marcacci, Maurilia, Cammà, Cesare, Rinaldi, Antonio, Mangone, Iolanda, Di Pasquale, Adriano, Iommarini, Marino, Mattucci, Maria, Fazii, Paolo, Tarquini, Pierluigi, Mariani, Rinalda, Grimaldi, Alessandro, Morelli, Daniela, Migliorati, Giacomo, Savini, Giovanni, Borrello, Silvio, D'Alterio, Nicola
Publicado 2020

A European-wide dataset to uncover adaptive traits of Listeria monocytogenes to diverse ecological niches

por Félix, Benjamin, Sevellec, Yann, Palma, Federica, Douarre, Pierre Emmanuel, Felten, Arnaud, Radomski, Nicolas, Mallet, Ludovic, Blanchard, Yannick, Leroux, Aurélie, Soumet, Christophe, Bridier, Arnaud, Piveteau, Pascal, Ascensio, Eliette, Hébraud, Michel, Karpíšková, Renáta, Gelbíčová, Tereza, Torresi, Marina, Pomilio, Francesco, Cammà, Cesare, Di Pasquale, Adriano, Skjerdal, Taran, Pietzka, Ariane, Ruppitsch, Werner, Canelhas, Monica Ricão, Papić, Bojan, Hurtado, Ana, Wullings, Bart, Bulawova, Hana, Castro, Hanna, Lindström, Miia, Korkeala, Hannu, Šteingolde, Žanete, Kramarenko, Toomas, Cabanova, Lenka, Szymczak, Barbara, Gareis, Manfred, Oswaldi, Verena, Marti, Elisabet, Seyfarth, Anne-Mette, Leblanc, Jean-Charles, Guillier, Laurent, Roussel, Sophie
Publicado 2022