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    PyBioPAX: biological pathway exchange in Python
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    PyBEL: a computational framework for Biological Expression Language
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    BEL2ABM: agent-based simulation of static models in Biological Expression Language
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    Gilda: biomedical entity text normalization with machine-learned disambiguation as a service
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    Prediction and curation of missing biomedical identifier mappings with Biomappings
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    BEL Commons: an environment for exploration and analysis of networks encoded in Biological Expression Language
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    Quantifying mechanisms in neurodegenerative diseases (NDDs) using candidate mechanism perturbation amplitude (CMPA) algorithm
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    The role of metadata in reproducible computational research
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    PS4DR: a multimodal workflow for identification and prioritization of drugs based on pathway signatures
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    A systematic approach for identifying shared mechanisms in epilepsy and its comorbidities
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    Improving reproducibility and reusability in the Journal of Cheminformatics
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    PathMe: merging and exploring mechanistic pathway knowledge
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    ComPath: an ecosystem for exploring, analyzing, and curating mappings across pathway databases
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    Publisher Correction: ComPath: an ecosystem for exploring, analyzing, and curating mappings across pathway databases
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    The Impact of Pathway Database Choice on Statistical Enrichment Analysis and Predictive Modeling
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    Corrigendum: The Impact of Pathway Database Choice on Statistical Enrichment Analysis and Predictive Modeling
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    Challenges of Integrative Disease Modeling in Alzheimer's Disease
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    Do-calculus enables estimation of causal effects in partially observed biomolecular pathways
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    CLEP: a hybrid data- and knowledge-driven framework for generating patient representations
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    Integrating multi-omics data reveals function and therapeutic potential of deubiquitinating enzymes
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