PlasmidSeeker: identification of known plasmids from bacterial whole genome sequencing reads

por Roosaare, Märt, Puustusmaa, Mikk, Möls, Märt, Vaher, Mihkel, Remm, Maido
Publicado 2018

Endophytic bacterial communities in peels and pulp of five root vegetables

por Kõiv, Viia, Arbo, Krõõt, Maiväli, Ülo, Kisand, Veljo, Roosaare, Märt, Remm, Maido, Tenson, Tanel
Publicado 2019

Microbial population dynamics in response to Pectobacterium atrosepticum infection in potato tubers

por Kõiv, Viia, Roosaare, Märt, Vedler, Eve, Ann Kivistik, Paula, Toppi, Kristel, Schryer, David W., Remm, Maido, Tenson, Tanel, Mäe, Andres
Publicado 2015

StrainSeeker: fast identification of bacterial strains from raw sequencing reads using user-provided guide trees

por Roosaare, Märt, Vaher, Mihkel, Kaplinski, Lauris, Möls, Märt, Andreson, Reidar, Lepamets, Maarja, Kõressaar, Triinu, Naaber, Paul, Kõljalg, Siiri, Remm, Maido
Publicado 2017