Cutoff Scanning Matrix (CSM): structural classification and function prediction by protein inter-residue distance patterns

por Pires, Douglas EV, de Melo-Minardi, Raquel C, dos Santos, Marcos A, da Silveira, Carlos H, Santoro, Marcelo M, Meira, Wagner
Publicado 2011

Vermont: a multi-perspective visual interactive platform for mutational analysis

por Fassio, Alexandre V., Martins, Pedro M., Guimarães, Samuel da S., Junior, Sócrates S. A., Ribeiro, Vagner S., de Melo-Minardi, Raquel C., Silveira, Sabrina de A.
Publicado 2017

Proteus: An algorithm for proposing stabilizing mutation pairs based on interactions observed in known protein 3D structures

por Barroso, José Renato M. S., Mariano, Diego, Dias, Sandro R., Rocha, Rafael E. O., Santos, Lucianna H., Nagem, Ronaldo A. P., de Melo-Minardi, Raquel C.
Publicado 2020

GRaSP-web: a machine learning strategy to predict binding sites based on residue neighborhood graphs

por Santana, Charles A, Izidoro, Sandro C, de Melo-Minardi, Raquel C, Tyzack, Jonathan D, Ribeiro, António J M, Pires, Douglas E V, Thornton, Janet M, de A. Silveira, Sabrina
Publicado 2022

Machine learning models exploring characteristic single-nucleotide signatures in yellow fever virus

por Salgado, Álvaro, de Melo-Minardi, Raquel C., Giovanetti, Marta, Veloso, Adriano, Morais-Rodrigues, Francielly, Adelino, Talita, de Jesus, Ronaldo, Tosta, Stephane, Azevedo, Vasco, Lourenco, José, Alcantara, Luiz Carlos J.
Publicado 2022

VERMONT: Visualizing mutations and their effects on protein physicochemical and topological property conservation

por Silveira, Sabrina A, Fassio, Alexandre V, Gonçalves-Almeida, Valdete M, de Lima, Elisa B, Barcelos, Yussif T, Aburjaile, Flávia F, Rodrigues, Laerte M, Meira Jr, Wagner, de Melo-Minardi, Raquel C
Publicado 2014

visGReMLIN: graph mining-based detection and visualization of conserved motifs at 3D protein-ligand interface at the atomic level

por Ribeiro, Vagner S., Santana, Charles A., Fassio, Alexandre V., Cerqueira, Fabio R., da Silveira, Carlos H., Romanelli, João P. R., Patarroyo-Vargas, Adriana, Oliveira, Maria G. A., Gonçalves-Almeida, Valdete, Izidoro, Sandro C., de Melo-Minardi, Raquel C., Silveira, Sabrina de A.
Publicado 2020

Propedia: a database for protein–peptide identification based on a hybrid clustering algorithm

por Martins, Pedro M., Santos, Lucianna H., Mariano, Diego, Queiroz, Felippe C., Bastos, Luana L., Gomes, Isabela de S., Fischer, Pedro H. C., Rocha, Rafael E. O., Silveira, Sabrina A., de Lima, Leonardo H. F., de Magalhães, Mariana T. Q., Oliveira, Maria G. A., de Melo-Minardi, Raquel C.
Publicado 2021

From In-Person to the Online World: Insights Into Organizing Events in Bioinformatics

por da Silva, Alessandra Lima, de Abreu, Ana Paula, Mariano, Diego, Caixeta, Felipe, Santos, Fenícia Brito, Lage, Fernanda Stussi D., Quintanilha-Peixoto, Gabriel, Hilário, Heron. O., Xavier, Joicymara. S., Queiroz, Lucio. R., de Toledo, Nayara Evelin, Tavares, Raphael, Kato, Rodrigo Bentes, dos Santos, Roselane Gonçalves, Soares, Stellamaris, Goes, Wanessa. M., Nogueira, Wylerson. G., Batista, Thiago. M., Ortega, José Miguel, De Carvalho, Vasco Ariston Azevedo, Franco, Glória. Regina, de Melo-Minardi, Raquel. C., Góes-Neto, Aristóteles
Publicado 2021