Isofunctional Protein Subfamily Detection Using Data Integration and Spectral Clustering

por Boari de Lima, Elisa, Meira, Wagner, de Melo-Minardi, Raquel Cardoso
Publicado 2016

Editorial: Bioinformatics in the age of data science: algorithms, methods, and tools applied from Omics to structural data

por Mariano, Diego, Da Fonseca Júnior, Neli José, Santos, Lucianna Helene, de Melo-Minardi, Raquel Cardoso
Publicado 2023

ENZYMAP: Exploiting Protein Annotation for Modeling and Predicting EC Number Changes in UniProt/Swiss-Prot

por Silveira, Sabrina de Azevedo, de Melo-Minardi, Raquel Cardoso, da Silveira, Carlos Henrique, Santoro, Marcelo Matos, Meira Jr, Wagner
Publicado 2014

Propedia v2.3: A novel representation approach for the peptide-protein interaction database using graph-based structural signatures

por Martins, Pedro, Mariano, Diego, Carvalho, Frederico Chaves, Bastos, Luana Luiza, Moraes, Lucas, Paixão, Vivian, Cardoso de Melo-Minardi, Raquel
Publicado 2023

Cutoff Scanning Matrix (CSM): structural classification and function prediction by protein inter-residue distance patterns

por Pires, Douglas EV, de Melo-Minardi, Raquel C, dos Santos, Marcos A, da Silveira, Carlos H, Santoro, Marcelo M, Meira, Wagner
Publicado 2011

Vermont: a multi-perspective visual interactive platform for mutational analysis

por Fassio, Alexandre V., Martins, Pedro M., Guimarães, Samuel da S., Junior, Sócrates S. A., Ribeiro, Vagner S., de Melo-Minardi, Raquel C., Silveira, Sabrina de A.
Publicado 2017

Glutantβase: a database for improving the rational design of glucose-tolerant β-glucosidases

por Mariano, Diego, Pantuza, Naiara, Santos, Lucianna H., Rocha, Rafael E. O., de Lima, Leonardo H. F., Bleicher, Lucas, de Melo-Minardi, Raquel Cardoso
Publicado 2020

A Computational Method to Propose Mutations in Enzymes Based on Structural Signature Variation (SSV)

por Mariano, Diego César Batista, Santos, Lucianna Helene, Machado, Karina dos Santos, Werhli, Adriano Velasque, de Lima, Leonardo Henrique França, de Melo-Minardi, Raquel Cardoso
Publicado 2019

Proteus: An algorithm for proposing stabilizing mutation pairs based on interactions observed in known protein 3D structures

por Barroso, José Renato M. S., Mariano, Diego, Dias, Sandro R., Rocha, Rafael E. O., Santos, Lucianna H., Nagem, Ronaldo A. P., de Melo-Minardi, Raquel C.
Publicado 2020

VTR: A Web Tool for Identifying Analogous Contacts on Protein Structures and Their Complexes

por Pimentel, Vitor, Mariano, Diego, Cantão, Letícia Xavier Silva, Bastos, Luana Luiza, Fischer, Pedro, de Lima, Leonardo Henrique Franca, Fassio, Alexandre Victor, de Melo-Minardi, Raquel Cardoso
Publicado 2021

GRaSP-web: a machine learning strategy to predict binding sites based on residue neighborhood graphs

por Santana, Charles A, Izidoro, Sandro C, de Melo-Minardi, Raquel C, Tyzack, Jonathan D, Ribeiro, António J M, Pires, Douglas E V, Thornton, Janet M, de A. Silveira, Sabrina
Publicado 2022

Machine learning models exploring characteristic single-nucleotide signatures in yellow fever virus

por Salgado, Álvaro, de Melo-Minardi, Raquel C., Giovanetti, Marta, Veloso, Adriano, Morais-Rodrigues, Francielly, Adelino, Talita, de Jesus, Ronaldo, Tosta, Stephane, Azevedo, Vasco, Lourenco, José, Alcantara, Luiz Carlos J.
Publicado 2022

VERMONT: Visualizing mutations and their effects on protein physicochemical and topological property conservation

por Silveira, Sabrina A, Fassio, Alexandre V, Gonçalves-Almeida, Valdete M, de Lima, Elisa B, Barcelos, Yussif T, Aburjaile, Flávia F, Rodrigues, Laerte M, Meira Jr, Wagner, de Melo-Minardi, Raquel C
Publicado 2014

Molecular Dynamics Gives New Insights into the Glucose Tolerance and Inhibition Mechanisms on β-Glucosidases

por Costa, Leon Sulfierry Corrêa, Mariano, Diego César Batista, Rocha, Rafael Eduardo Oliveira, Kraml, Johannes, da Silveira, Carlos Henrique, Liedl, Klaus Roman, de Melo-Minardi, Raquel Cardoso, de Lima, Leonardo Henrique Franca
Publicado 2019

Computational prediction of potential inhibitors for SARS-COV-2 main protease based on machine learning, docking, MM-PBSA calculations, and metadynamics

por Gomes, Isabela de Souza, Santana, Charles Abreu, Marcolino, Leandro Soriano, de Lima, Leonardo Henrique França, de Melo-Minardi, Raquel Cardoso, Dias, Roberto Sousa, de Paula, Sérgio Oliveira, Silveira, Sabrina de Azevedo
Publicado 2022

Elucidating the molecular mechanisms of essential oils' insecticidal action using a novel cheminformatics protocol

por Corrêa, Eduardo José Azevedo, Carvalho, Frederico Chaves, de Castro Oliveira, Júlia Assunção, Bertolucci, Suzan Kelly Vilela, Scotti, Marcus Tullius, Silveira, Carlos Henrique, Guedes, Fabiana Costa, Melo, Júlio Onésio Ferreira, de Melo-Minardi, Raquel Cardoso, de Lima, Leonardo Henrique França
Publicado 2023

visGReMLIN: graph mining-based detection and visualization of conserved motifs at 3D protein-ligand interface at the atomic level

por Ribeiro, Vagner S., Santana, Charles A., Fassio, Alexandre V., Cerqueira, Fabio R., da Silveira, Carlos H., Romanelli, João P. R., Patarroyo-Vargas, Adriana, Oliveira, Maria G. A., Gonçalves-Almeida, Valdete, Izidoro, Sandro C., de Melo-Minardi, Raquel C., Silveira, Sabrina de A.
Publicado 2020

E-Volve: understanding the impact of mutations in SARS-CoV-2 variants spike protein on antibodies and ACE2 affinity through patterns of chemical interactions at protein interfaces

por Dos Santos, Vitor Pimentel, Rodrigues, André, Dutra, Gabriel, Bastos, Luana, Mariano, Diego, Mendonça, José Gutembergue, Lobo, Yan Jerônimo Gomes, Mendes, Eduardo, Maia, Giovana, Machado, Karina dos Santos, Werhli, Adriano Velasque, Rocha, Gerd, de Lima, Leonardo Henrique França, de Melo-Minardi, Raquel
Publicado 2022

Propedia: a database for protein–peptide identification based on a hybrid clustering algorithm

por Martins, Pedro M., Santos, Lucianna H., Mariano, Diego, Queiroz, Felippe C., Bastos, Luana L., Gomes, Isabela de S., Fischer, Pedro H. C., Rocha, Rafael E. O., Silveira, Sabrina A., de Lima, Leonardo H. F., de Magalhães, Mariana T. Q., Oliveira, Maria G. A., de Melo-Minardi, Raquel C.
Publicado 2021

From In-Person to the Online World: Insights Into Organizing Events in Bioinformatics

por da Silva, Alessandra Lima, de Abreu, Ana Paula, Mariano, Diego, Caixeta, Felipe, Santos, Fenícia Brito, Lage, Fernanda Stussi D., Quintanilha-Peixoto, Gabriel, Hilário, Heron. O., Xavier, Joicymara. S., Queiroz, Lucio. R., de Toledo, Nayara Evelin, Tavares, Raphael, Kato, Rodrigo Bentes, dos Santos, Roselane Gonçalves, Soares, Stellamaris, Goes, Wanessa. M., Nogueira, Wylerson. G., Batista, Thiago. M., Ortega, José Miguel, De Carvalho, Vasco Ariston Azevedo, Franco, Glória. Regina, de Melo-Minardi, Raquel. C., Góes-Neto, Aristóteles
Publicado 2021