Quantitative prediction of selectivity between the A(1) and A(2A) adenosine receptors

por Burggraaff, Lindsey, van Vlijmen, Herman W. T., IJzerman, Adriaan P., van Westen, Gerard J. P.
Publicado 2020

An exploration strategy improves the diversity of de novo ligands using deep reinforcement learning: a case for the adenosine A(2A) receptor

por Liu, Xuhan, Ye, Kai, van Vlijmen, Herman W. T., IJzerman, Adriaan P., van Westen, Gerard J. P.
Publicado 2019

DrugEx v3: scaffold-constrained drug design with graph transformer-based reinforcement learning

por Liu, Xuhan, Ye, Kai, van Vlijmen, Herman W. T., IJzerman, Adriaan P., van Westen, Gerard J. P.
Publicado 2023

Significantly Improved HIV Inhibitor Efficacy Prediction Employing Proteochemometric Models Generated From Antivirogram Data

por van Westen, Gerard J. P., Hendriks, Alwin, Wegner, Jörg K., IJzerman, Adriaan P., van Vlijmen, Herman W. T., Bender, Andreas
Publicado 2013

In search of novel ligands using a structure-based approach: a case study on the adenosine A(2A) receptor

por Lenselink, Eelke B., Beuming, Thijs, van Veen, Corine, Massink, Arnault, Sherman, Woody, van Vlijmen, Herman W. T., IJzerman, Adriaan P.
Publicado 2016

DrugEx v2: de novo design of drug molecules by Pareto-based multi-objective reinforcement learning in polypharmacology

por Liu, Xuhan, Ye, Kai, van Vlijmen, Herman W. T., Emmerich, Michael T. M., IJzerman, Adriaan P., van Westen, Gerard J. P.
Publicado 2021

Identification of Allosteric Modulators of Metabotropic Glutamate 7 Receptor Using Proteochemometric Modeling

por Tresadern, Gary, Trabanco, Andres A., Pérez-Benito, Laura, Overington, John P., van Vlijmen, Herman W. T., van Westen, Gerard J. P.
Publicado 2017

Annotation of Allosteric Compounds to Enhance Bioactivity Modeling for Class A GPCRs

por Burggraaff, Lindsey, van Veen, Amber, Lam, Chi Chung, van Vlijmen, Herman W. T., IJzerman, Adriaan P., van Westen, Gerard J. P.
Publicado 2020

Beyond the hype: deep neural networks outperform established methods using a ChEMBL bioactivity benchmark set

por Lenselink, Eelke B., ten Dijke, Niels, Bongers, Brandon, Papadatos, George, van Vlijmen, Herman W. T., Kowalczyk, Wojtek, IJzerman, Adriaan P., van Westen, Gerard J. P.
Publicado 2017

Identification of novel small molecule inhibitors for solute carrier SGLT1 using proteochemometric modeling

por Burggraaff, Lindsey, Oranje, Paul, Gouka, Robin, van der Pijl, Pieter, Geldof, Marian, van Vlijmen, Herman W. T., IJzerman, Adriaan P., van Westen, Gerard J. P.
Publicado 2019

Which Compound to Select in Lead Optimization? Prospectively Validated Proteochemometric Models Guide Preclinical Development

por van Westen, Gerard J. P., Wegner, Jörg K., Geluykens, Peggy, Kwanten, Leen, Vereycken, Inge, Peeters, Anik, IJzerman, Adriaan P., van Vlijmen, Herman W. T., Bender, Andreas
Publicado 2011

Successive Statistical and Structure-Based Modeling to Identify Chemically Novel Kinase Inhibitors

por Burggraaff, Lindsey, Lenselink, Eelke B., Jespers, Willem, van Engelen, Jesper, Bongers, Brandon J., González, Marina Gorostiola, Liu, Rongfang, Hoos, Holger H., van Vlijmen, Herman W. T., IJzerman, Adriaan P., van Westen, Gerard J. P.
Publicado 2020

Predicting Binding Affinities for GPCR Ligands Using Free-Energy Perturbation

por Lenselink, Eelke B., Louvel, Julien, Forti, Anna F., van Veldhoven, Jacobus P. D., de Vries, Henk, Mulder-Krieger, Thea, McRobb, Fiona M., Negri, Ana, Goose, Joseph, Abel, Robert, van Vlijmen, Herman W. T., Wang, Lingle, Harder, Edward, Sherman, Woody, IJzerman, Adriaan P., Beuming, Thijs
Publicado 2016

Blood-based metabolic signatures in Alzheimer's disease

por de Leeuw, Francisca A., Peeters, Carel F.W., Kester, Maartje I., Harms, Amy C., Struys, Eduard A., Hankemeier, Thomas, van Vlijmen, Herman W.T., van der Lee, Sven J., van Duijn, Cornelia M., Scheltens, Philip, Demirkan, Ayşe, van de Wiel, Mark A., van der Flier, Wiesje M., Teunissen, Charlotte E.
Publicado 2017