Caractéristiques microbiologiques et cliniques des patients hospitalisés pour suspicion d’infection à Middle East Respiratory Syndrome coronavirus (MERS-CoV) au cours de la période 2013–2016

INTRODUCTION: Depuis 2012 dans le monde, l’infection due à MERS-CoV a été responsable de 1826 cas dont 649 décès. En France, 1568 patients ont été notifiés comme cas suspects dont 478 cas possibles. Seuls 2 cas ont été confirmé dont un décès. L’objectif de cette étude était d’évaluer les caractéristiques démographiques, cliniques et microbiologiques des patients cas possibles hospitalisés. MATÉRIELS ET MÉTHODES: Étude rétrospective de tous les patients adultes hospitalisés dans les unités d’isolement de 2 services référents pour le MERS-CoV entre janvier 2013 et décembre 2016. RÉSULTATS: Quatre-vingt treize patients ont été hospitalisés pour suspicion de MERS-CoV dont 10 (11 %) en unité de soins intensifs. L’âge médian était de 63,4 ans et 49 patients étaient des hommes (53 %). Quatre-vingt-deux revenaient d’Arabie saoudite (88 %) dont 75 (81) pour pèlerinage. L’examen clinique retrouvait un foyer pulmonaire chez 61 patients (66 %), une toux chez 89 (95 %) et une température médiane de 38,5 °C. Des anomalies radiologiques étaient retrouvées initialement dans 73 cas (78 %). Les 93 patients étaient négatifs en PCR pour MERS-CoV. La documentation microbiologique était négative pour 21 (23 %) patients, mais a révélé 40 infections virales (43 %), 13 (14 %) infections bactériennes, 9 (10 %) co-infections bactérie-virus et 7 co-infections virus-virus (8 %). Les Rhinovirus étaient les principaux micro-organismes (26, 28 %), puis les virus influenza (25, 27 %), et les coronavirus non-MERS (5, 6 %). Sept (8 %) infections à Legionella pneumophilia et 7 (8 %) infections à Streptococcus pneumoniae ont été mises en évidence. Une antibiothérapie a été initié dans 81 (87 %) cas dont 63 bithérapie (68 %). La durée de bithérapie était inférieure à 48 heures chez 34 patients (37 %) et l’antibiothérapie a été stoppée au cours des 48 premières heures pour 7 (8 %) patients. La durée médiane d’hospitalisation était de 3 jours (1–33) et la durée médiane d’isolement était de 24 heures (8–92). Deux patients sont décédés, l’un dû à une grippe maligne et l’autre à une endocardite infectieuse à S. aureus. CONCLUSION: De 2013 à 2016 sur 93 patients hospitalisés pour suspicion de MERS-CoV, aucun nouveau cas d’infection à MERS-CoV n’a été confirmé. Les virus respiratoires saisonniers étaient la principale cause d’infection pulmonaire dans ce contexte bien que la pathogénicité de tous les virus identifiés ne puisse pas être confirmée. Les infections bactériennes et les co-infections bactérie-virus ont représenté 22 cas (24 %), plaidant pour l’instauration d’une antibiothérapie empirique efficace contre le pneumocoque et la légionnelle dans les premières heures de la prise en charge des cas suspects de MERS-CoV.