Diagnostic de la COVID-19 : expérience du laboratoire national de référence

INTRODUCTION: Le diagnostic de la COVID-19 se base sur la détection d’une ou de deux régions spécifiques du génome de SARS-CoV-2 par RT-PCR en temps réel. Le Laboratoire national de référence (LNR) de surveillance de la grippe et des autres viroses respiratoires a été désigné pour assurer cette tâche jusqu’au 27 mars, date à laquelle le réseau des laboratoires a été élargi pour augmenter la capacité nationale du testing. La présente étude rapporte l’expérience du LNR pendant la période où il a assuré à lui seul le diagnostic de la COVID-19 (6 février au 26 mars). MATÉRIELS ET MÉTHODES: Après optimisation de la technique de RT-PCR en temps réel se basant sur le protocole de Hong Kong (gènes cibles N et ORF1b), l’analyse de 1913 prélèvements nasopharyngés a été réalisée. Les résultats étaient quotidiennement adressés à l’Observatoire national des maladies nouvelles et émergentes (ONMNE) pour assurer la surveillance, l’investigation et le contact tracing en cas de détection de cas positifs et ce afin de limiter l’extension de la maladie. RÉSULTATS: Au cours de cette période, 229 (12 %) cas positifs ont été colligés. Le 2 mars, le premier cas a été diagnostiqué. Il s’agissait d’un cas importé d’Italie. Ce dernier a été placé en confinement. Le 10 mars, les deux premiers cas autochtones ont été identifiés. La capitale et les villes avoisinantes étaient les régions les plus touchées avec 113 (49,3 %) cas. Le sex-ratio était de 1,14 soit 122 hommes (53,3 %) et 107 de femmes (46,7 %). La moyenne d’âge était de 46,18 ans avec des extrêmes allant de 6 mois à 85 ans. La tranche d’âge entre 15 et 45 ans était la plus touchée avec une fréquence de 48,9 %. La transmission était autochtone chez 117 (51,1 %) patients, versus 112 (48 %) cas importés. La majorité des cas étaient symptomatiques (82,5 %). La fièvre (93 %), la toux (77 %) et l’asthénie (43 %) étaient les symptômes les plus rapportés. Les cas symptomatiques étaient significativement plus fréquents parmi les cas importés 93 % contre 72,6 % des cas autochtones avec un OR de 4,9 et un intervalle de confiance 95 % = [2,14–11,23]. Les mesures prises pour les malades asymptomatiques étaient l’auto-isolement à domicile (64,2 %) ou l’hébergement dans des centres de confinement (16,6 %). Quarante quatre (19,2 %) patients avaient nécessité une hospitalisation dont 20 (43,5 %) en réanimation avec un taux de létalité de 7,4 % (17 décès sur 229). Le personnel de santé représentait 12,2 % (28 cas) du total des personnes infectées par le SARS-CoV-2, avec une transmission majoritairement autochtone (75 %). CONCLUSION: Les mesures judicieuses entreprises au cours de cette période ont permis d’établir un plan de prévention et de riposte au risque de diffusion du SARS-CoV-2. Ceci est étroitement lié à la collaboration entre les différents intervenants de tous les secteurs.