Étude COVL : impact de la charge virale nasopharyngée du SARS-COV-2 sur l’évolution clinique en hospitalisation

INTRODUCTION: Au 30 avril 2020, plus de 3 millions de personnes dans le monde étaient infectées par le coronavirus responsable du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SARS-CoV-2), dont environ 130 000 en France. Le nombre croissant de patients sur une durée courte a surchargé les structures hospitalières tant en ambulatoire (SAU) qu’en hospitalisation ou en réanimation. L’acide ribonucléique (ARN) du SARS-CoV-2 peut être détecté dans de nombreux sites anatomiques et liquides biologiques. Les prélèvements nasopharyngés (NP) sont les plus utilisés à des fins de diagnostic. La charge virale (CV) peut être estimée par le nombre de cycle de RT-PCR nécessaire pour obtenir un signal détectable. Les liens entre le niveau de CV sur un prélèvement NP et la gravité clinique, la progression et la transmission de la maladie sont insuffisamment connus. Nous avons mené une étude de cohorte rétrospective monocentrique afin d’évaluer les liens entre la CV et l’évolution de la maladie liée SARS-CoV-2 lors des quatre premiers mois de l’épidémie en France métropolitaine. MATÉRIELS ET MÉTHODES: Étude rétrospective descriptive chez les adultes admis du 25 janvier au 30 avril 2020 dans un service des maladies infectieuses pour une infection SARS-CoV-2 biologiquement confirmée. Les données épidémiologiques, cliniques, biologiques et thérapeutiques ont été saisies à partir des dossiers médicaux informatisés. La charge virale ARN a été estimée dans les échantillons NP à partir des valeurs du nombre de cycle de RT-PCR nécessaire pour obtenir un signal détectable (CT) selon trois techniques successives, détectant toutes sur le gène E. du SARS-CoV-2. Une CV haute correspondait à un nombre de CT bas. RÉSULTATS: Du 01/03 au 30/04/2020, 159 patients ont eu une estimation de la CV NP à l’admission : 84 hommes et 75 femmes, d’âge médian de 66 ans [28–10]. L’évolution a été défavorable pour 29 (18,2 %) patients. Dix-sept (10,7 %) ont été transférés en soins intensifs, 12 (7,5 %) patients tous âgés. Quatre-vingt-quinze patients ont pu bénéficier d’une estimation de la CV fiable. Le CT médian était de 31,49 cycles [17,84–38,88]. Il n’existait pas de différence significative de la CV NP initiale en termes de sexe ou d’âge. Toutefois une tendance d’augmentation avec l’âge existait. Sur une analyse en sous-groupe sur 46 patients ayant eu un par PCR NP une baisse de la CV a été observé au cours de l’hospitalisation. La CV NP initiale était plus élevée chez les patients décédés par rapport aux patients transférés en réanimation survivants et aux patients survivants non transférés en réanimation (CT = 25,9, 30,7 et 31,5). Aucun des 29 (18,2 %) patients avec une CV faible (CT ≥ 34) n’est décédé. CONCLUSION: La valeur du CT de RT-PCR mesurée par une technique standardisée permet d’estimée la CV des patients sur les prélèvements NP. Une CV basse semble associé à un meilleur pronostic. L’estimation de la CV nécessite d’être étudiée sur un plus grand échantillon afin d’étudier son potentiel intérêt pronostique dans l’évaluation initiale des patients.