Co-infection et surinfection bactérienne chez les patients hospitalisés pour COVID-19: une étude rétrospective monocentrique

INTRODUCTION: Durant la pandémie de COVID-19, la prescription d’antibiotique a été importante. Cependant, les surinfections et co-infections bactériennes associées aux coronavirus sont peu décrites, et concernent principalement les patients de soins intensifs. MATÉRIELS ET MÉTHODES: Une étude observationnelle rétrospective monocentrique a été menée dans notre CHU du 26/02/2020 au 22/04/2020. Ont été inclus tous les patients hospitalisés pour une COVID-19 (PCR respiratoire positive à SARS-CoV-2 ou atteinte scannographique compatible) hors service de réanimation et présentant une infection bactérienne documentée par un prélèvement bactériologique positif parmi: prélèvement respiratoire (ECBC, aspiration bronchique, LBA), hémoculture, antigénurie légionnelle ou pneumocoque, ou PCR nasopharyngée (Bordetella pertussis, Mycoplasma pneumoniae et légionnelle). Les données bactériologiques ont été obtenues par les laboratoires de bactériologie et virologie et les données cliniques recueillies à partir du dossier médical des patients. RÉSULTATS: Au total, 2710 prélèvements ont été réalisés chez 778 patients hospitalisés: 957 hémocultures, 169 ECBC, 3 aspirations bronchiques, 2 LBA, 537 PCR nasopharyngées, 517 antigénuries légionnelle et 525 antigénuries pneumocoque. Quarante et un prélèvements étaient positifs (1,5 %) dont quatorze ont été considérés comme une colonisation par les cliniciens. Vingt neuf prélèvements positifs (1,1 %) ont été considérés comme pathogènes chez 27 patients (3,5 %): 15 ECBC, 2 aspirations bronchiques, 1 LBA, 7 hémocultures, 2 antigénuries et 4 PCR nasopharyngées. Parmi les 27 patients, 18 (66,7 %) avaient des comorbidités dont 10 (37 %) une pathologie respiratoire chronique. Huit patients (29,6 %) étaient sous traitement immunosuppresseur au long cours et 15 (55,6 %) ont reçu des corticoïdes ou autres traitements immunomodulateurs pour la COVID-19. Le delais entre l’apparition des symptômes de COVID-19 et la survenue de la surinfection bactérienne était en moyenne de 11 jours. Les arguments en faveur d’une surinfection étaient l’augmentation des besoins en oxygène (n = 22, 81,5 %), la toux expectorante (n= 20, 74,0 %) ou la modification de la toux (n = 5, 18,5 %) et la présence de fièvre (n= 5, 18,5 %). Un patient avait un tableau de sepsis. Les pathogènes les plus fréquemment retrouvés nétaient: Pseudomonas aeruginosa (n = 8, 29,6 %), Staphylococcus aureus (n = 5, 18,5 %), Streptococcus pneumoniae (n = 4, 14,8 %) et Enterococcus faecalis (n = 3, 11,1 %). Quatre patients (0,5 %) avaient une co-infection à bactérie intracellulaire: 2 à Bordetella pertussis et 2 à Mycoplasma pneumoniae. Aucune antigénurie légionnelle n’est revenue positive. CONCLUSION: Le taux de surinfections et de co-infections bactériennes dans la COVID-19 semble faible. Ce faible taux est en faveur d’une utilisation limitée des antibiotiques dans la prise en charge de la COVID-19.