Infections fongiques invasives chez le patient admis en réanimation avec le COVID-19 : une cohorte rétrospective

INTRODUCTION: Les infections fongiques invasives (IFIs) surviennent habituellement chez le sujet immunodéprimé. Des formes d’aspergillose pulmonaires invasives (API) ont été décrites chez le sujet atteint de grippe sévère et attribué à l’association de dommages de l’épithélium respiratoire, d’anomalie de la clairance muco-ciliaire et d’une paralysie immunitaire transitoire. Les formes sévères de COVID-19 combinent également ces facteurs physiopathologiques clés. Les critères diagnostiques des IFIs chez le patient en réanimation et particulièrement dans les cas de COVID-19 ne sont pas complètement validés et leur interprétation peut mésestimer l’incidence de ces infections/colonisations. L’objectif est d’évaluer l’incidence des IFIs chez les patients hospitalisés en réanimation pour COVID-19 et de discuter l’utilisation des différents marqueurs et critères mycologiques disponibles. MATÉRIELS ET MÉTHODES: Cent trois patients hospitalisés dans 4 réanimations du 15 mars au 30 avril 2020 pour détresse respiratoire avec une RT-PCR SARS-CoV-2 positive et pour qui ≥ 1 prélèvement respiratoire a été reçu au laboratoire de mycologie ont été inclus. Sur chaque prélèvement : – une culture ; – une PCR Aspergillus ; – une PCR Pneumocystis ; – le dosage du galactomannane (GM) (LBA uniquement) était réalisé. Les marqueurs sériques ß-D-glucanes (BDG), GM, ADN aspergillaire ont été testés en parallèle. Les patients ont été classés en IFI selon la classification EORTC si des facteurs d’hôte étaient présents et selon la récente classification proposée des aspergilloses invasives associées au COVID-19 (AIAC). RÉSULTATS: Un total de 27 patients présentait des critères mycologiques d’aspergillose concordant avec une API probable (n = 22) selon les critères AIAC (n = 20/22) et EORTC (n = 2/22), une colonisation aspergillaire (n = 2) ou uniquement des BDG isolés (n = 3). Parmi les API probables, la culture était positive dans 88,1 % (18/22) des cas. La PCR aspergillaire et le GM (≥ 1) sur le prélèvement respiratoire était positifs dans 50,0 % (11/22) (Ct moyen = 29,5) et 21,4 % (3/14) respectivement. La PCR aspergillaire, BDG (≥ 80 pg/mL) et GM (≥ 0,5) sérique étaient positifs dans 11,8 % (3/19), 52,6 % (10/19) et 15,8 % (3/19) respectivement. La mortalité était plus important dans le groupe API probable (68,1 % vs 34,5 %, p < 0,01) et s’élève à 90,0 % dans le groupe avec un BDG ≥ 80 pg/mL. La PCR Pneumocystis dans les prélèvements respiratoires était positive chez 9 patients avec des Ct moyen de 32,8 (±2,6) témoin d’une charge fongique faible-intermédiaire. CONCLUSION: Nous retrouvons une prévalence importante de patients COVID-19 sévère présentant une co-infection aspergillaire (21,4 %), un portage de Pneumocystis (8,7 %) ou les deux (3,8 %). La performance des marqueurs est variable et peu étudiée dans cette population et nécessite plus d’investigations. Le BDG pourraient être utiles dans la différenciation infection versus colonisation. L’analyse détaillée des données cliniques est en cours afin d’évaluer les facteurs de risque de développer une AIAC chez les patients COVID-19.