La négativité persistante des prélèvements nasopharyngés est-elle fiable pour éliminer une pneumonie au SARS-CoV-2 chez un patient en quarantaine post-exposition ?

INTRODUCTION: La détection du SARS-CoV-2 dans la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) repose sur un test par RT-PCR effectué à partir d’un écouvillon oro- ou nasopharyngé (ENP). Nous rapportons ici le cas d’un patient contact de sujets confirmés au sein du cluster des Contamines-Montjoie, Haute Savoie, qui a développé au cours de son suivi une pneumonie associée au SARS-Cov-2 diagnostiquée par une aspiration endotrachéale (AET) testée positive alors que l’ensemble des ENPs réalisés sont restés négatifs. MATÉRIELS ET MÉTHODES: Les caractéristiques cliniques du patient ont été suivies quotidiennement pendant la quarantaine dans un hôpital tertiaire français. Le diagnostic du SARS-Cov-2 était basé sur un test par RT-PCR développé par le Centre National de Référence pour les virus respiratoires ciblant le gène RdRp. D’autres pathogènes pulmonaires ont été recherchés en utilisant un FilmArray® RP2 + (BioFire Diagnostics, SLC, États-Unis). RÉSULTATS: Un homme de 53 ans avec pour seul antécédent une dyslipidémie traitée a été hospitalisé pour une mise en quarantaine après avoir été en contact avec des cas confirmés de COVID-19. À l’admission, le patient était asymptomatique et l’écouvillon nasopharyngé était négatif pour la détection du SARS-CoV-2. Au jour 5, il a présenté une fièvre isolée (38,1 °C), sans signe d’infection des voies respiratoires hautes ou basses. La radiographie thoracique réalisée au jour 6 montrait un discret syndrome interstitiel bilatéral bi-basal. Une tomodensitométrie thoracique réalisée au jour 7 montrait des images éparses en verre dépoli de localisation périphérique au niveau du lobe inférieur gauche et du lobe moyen. Au niveau biologique, la seule anomalie identifiée était un minime syndrome inflammatoire (protéine C réactive à 12 mg/L). La fièvre a persisté 3 jours avec un maximum mesuré à 38,5 °C. Les autres paramètres cliniques - dont la SpO(2) - sont restés normaux, sans survenue d’autre symptôme jusqu’au jour 9, où le patient a présenté une toux sèche associée à une rhinorrhée. Une AET a été réalisée au jour 8 et est revenue positive pour le SARS-CoV-2. Ce résultat a été confirmé par un crachat induit le jour 9, tandis que l’ENP est demeuré toujours négatif. La recherche d’autres pathogènes respiratoires était négative (ENP et AET). Le suivi clinique de ce cas est toujours en cours. CONCLUSION: Il s’agit de la première description de résultats dissociés entre un ENP négatif de manière persistante et une AET positive chez un patient atteint d’une pneumonie liée au SARS-CoV-2. Cette observation suggère que pour les patients à haut risque de COVID-19, même des symptômes bénins (comme un fébricule isolé) devraient inciter les cliniciens à effectuer une tomodensitométrie thoracique et un prélèvement des voies respiratoires inférieures pour dépister l’infection.