Prévalence des infections à virus respiratoires en période épidémique de SARS-CoV-2 : comment une épidémie en chasse une autre

INTRODUCTION: Le 10 mars 2020, l’OMS a déclaré pandémique la diffusion du SARS-CoV2 en recommandant de pratiquer de façon massive le dépistage du virus. Cette épidémie s’est installée alors que les épidémies hivernales de virus respiratoires n’étaient pas encore achevées. Afin de mieux comprendre les étiologies des syndromes grippaux en période COVID-19, nous avons analysé les prélèvements effectués dans un centre de dépistage hospitalier Francilien au tout début de l’épidémie. MATÉRIELS ET MÉTHODES: La période d’étude s’est étendue du 28 février au 27 mars 2020. Tout patient consultant pour une recherche de SARS-CoV2 par RT-PCR dans le cadre d’un syndrome grippal a bénéficié d’une PCR multiplex pour les autres virus respiratoires. Les caractéristiques démographiques, cliniques et virologiques des consultants ont été analysées et les variables associées aux prélèvements positifs pour le SARS-CoV ou les autres virus ont été recherchées par régression logistique. RÉSULTATS: Au total 707 patients ont consulté pendant la période d’étude et 468 patients ont bénéficié de la recherche de SARS-CoV2 et autres virus respiratoires. L’âge médian (IQR) était de 37 ans (29–50) avec 139 hommes (29,7 %). La prévalence du SARS-CoV2 était de 37,4 % (IQR : 33,01–41,8), et 37 sujets (7,9 %) étaient positifs pour d’autres pathogènes : Influenza A – 6 (1,3 %), Influenza B – 7 (1,5 %), Metapneumovirus – 5 (1,1 %), Rhinovirus – 4 (0,9 %), Coronavirus (229E, HKU1) – 3 (0,6 %), Adenovirus – 2 (0,4 %), Enterovirus – 4 (0,9 %), M. pneumoniae – 1 (0,2 %), Virus Respiratoire syncytial – 1 (0,2 %), infection mixte hors SARS-CoV-2 – 4 (0,9 %). À noter qu’aucun agent pathogène n’a été retrouvé chez 256 consultants. Les symptômes d’anosmie, fièvre et céphalées étaient plus fréquemment présents chez les sujets avec SARS-CoV2 comparés aux autres pathogènes (respectivement 26,3 % vs 2,7 %, p < 0,00001 ; 78,9 % vs 64,9 %, p < 0,02 ; 45,1 % vs 29,7 %, p < 0,002), tandis que la rhino-pharyngite étaient plus fréquente chez les patients porteurs d’autres virus (24,3 % vs 10,39 %, p < 0,003). Sur la période d’étude, la prévalence des virus respiratoires hors SARS-CoV-2 a régulièrement diminué (semaine 1 : 26,4 %, semaine 2 : 7,3 %, semaine 3 : 1,8 %) jusqu’à devenir nulle la 4(e) semaine. CONCLUSION: Sur la période de mars 2020 alors que l’épidémie de SARS-CoV-2 a touché la France de plein fouet, les virus respiratoires classiques ont rapidement disparu tandis que la COVID-19 touchait plus du tiers des personnes consultant pour un syndrome grippal dans un centre de dépistage hospitalier francilien. La triade anosmie–fièvre–céphalées a été beaucoup plus fréquemment retrouvée associée au SARS-CoV2 qu’aux autres virus respiratoires et peut constituer un tableau d’alerte en cas de nouvelle épidémie.