Épidémiologie des infections à coronavirus NL63: à propos d’une série de 64 patients

INTRODUCTION: Les coronavirus humains (HCoVs) sont associés principalement à des infections respiratoires hautes. Quatre d’entre eux circulent continuellement: HCoV-229E, HCoV-OC43, HCoV-HKU-1, et HCoV-NL63. Nous nous intéressons ici particulièrement au HCoV-NL63. Ce virus a été isolé pour la première fois d’un prélèvement respiratoire d’un enfant de 7 mois en 2004 aux Pays Bas. HcoV-NL63 a une distribution mondiale et a parfois été associé à des infections respiratoires basses sévères, à des laryngo-trachéobronchites et des bronchiolites. Il a été détecté dans 1 à 9 % des infections respiratoires basses de l’enfant. Nous décrivons ici les caractéristiques épidémiologiques des infections à HCoV-NL63 sur une période de 3 ans, soit de début 2017 à fin 2019. MATÉRIELS ET MÉTHODES: Un total de 16 357 prélèvements respiratoires correspondant à 11 976 patients a été testé pour les virus respiratoires sur la période du 1(er) janvier 2017 au 31 décembre 2019. Le diagnostic des infections à coronavirus NL63 a été réalisé par PCR temps réel avec les trousses FTD Respiratory pathogens 21 (Fast Track Diagnosis, Luxembourg) ou Biofire Filmarray Respiratory panel 2 plus (Biomérieux, France). RÉSULTATS: Une PCR Coronavirus a été retrouvée positive pour 554 prélèvements correspondant à 483 patients. Au total, 81 prélèvements respiratoires ont été retrouvés positifs pour HCoV-NL63, correspondant à 64 patients, soit 0,49 % (81/16357) des prélèvements respiratoires testés. On note une fréquence plus élevée de positifs chez les enfants de moins de deux ans, ceux-ci constituant 37,00 % (30/81) de l’ensemble des prélèvements positifs. Deux pics de fréquence sont ensuite observés pour les tranches d’âges 11–19 ans et 20–39 ans représentant respectivement 19,75 % et 16,03 % de l’ensemble des prélèvements positifs. À noter que l’infection touchait moins les hommes que les femmes avec un sex-ratio de 0,72 (37 femmes; 27 hommes). Aucun décès n’a été observé sur cette période comme imputable au HCoV-NL63. CONCLUSION: Au final, ces données montrent l’intérêt de tester systématiquement le HCoV-NL63 dans tous les prélèvements respiratoires, en particulier chez l’enfant de moins de deux ans. Cette étude permet d’améliorer notre connaissance de l’épidémiologie de ce virus respiratoire.