Covid-19 à Mayotte : profil épidémiologique d’une année de crise

INTRODUCTION: Le 13/03/20, Mayotte déclare son premier cas de Covid-19. Le contexte socio-économique précaire rend inconcevable l’application des recommandations de prévention. Bien que la moitié de la population ait moins de 18 ans ; chez les adultes, la prévalence des facteurs de risque de formes graves fait redouter une saturation de l’unique hôpital de l’île : 38 % d’HTA, 12 % de diabète tandis que l’IMC moyen est de 26,9 kg/m(2). MATÉRIELS ET MÉTHODES: Afin de comprendre la dynamique et la sévérité du Covid-19 à Mayotte, plusieurs dispositifs de surveillance ont été mis en place. Ce travail décrit l’évolution épidémique du 9/03/20 au 14/03/21 en distinguant deux vagues différentes du fait de l’émergence de variants: 2020 (9/03/20-31/12/20) versus 2021 (01/01/21-14/03/21). RÉSULTATS: L’épidémie a débuté en mars 2020 avec un pic en mai (taux d’incidence (TI) de 133/100000 hbts). L’âge médian des cas était de 36 ans et la plupart d’entre eux était sans activité professionnelle. Le TI a diminué pour passer début juillet, sous le seuil d’alerte, suggérant une accalmie durant l’hiver austral. Cette première vague s’est avérée relativement peu sévère avec un maximum de cas hospitalisés en S21 : 51 patients hospitalisés dont 11 en réanimation. La circulation virale a continué sans impact sanitaire majeur jusqu’en décembre 2020 où l’Afrique du Sud a signalé l’émergence du variant 501Y.V2. Quelques semaines après les Comores, Mayotte enregistrait une dégradation rapide et intense de la situation: doublement du TI, triplement du taux de positivité Sars-Cov-2 (TP) entre mi-décembre et mi-janvier, y compris chez les 0-14 ans. En S6-2021, le TI a atteint un pic (894/100000 hbts) tout comme le TP culminant à 28 %. Deux enquêtes flash en février ont montré la part majoritaire d’un variant avec la mutation 501Y, représentant 87 % (150/172) des échantillons analysés par criblage. Les indicateurs hospitaliers témoignaient de la sévérité de cette nouvelle vague avec un pic atteint en S18-2021 : 148 patients hospitalisés dont 27 en réanimation, majoritairement des formes oxygéno-requérentes. En 2021, 149 cas ont été admis en réanimation contre 104 en 2020 (sex ratio H/F = 1,9). Parmi les patients présentant une forme pulmonaire, le profil des cas admis en réanimation en 2021 a changé par rapport à 2020 : ils étaient significativement plus jeunes (57 vs 62 ans) et présentaient un profil de comorbidités différent. Au total, en un an, 18899 cas ont été confirmés biologiquement et 253 patients admis en réanimation: ils correspondaient à 203 cas de formes pulmonaires, 46 cas de portage asymptomatique et 14 cas de syndrome inflammatoire multi-systématique associé à une infection par le Sars-Cov-2. En 2021, 88 patients sont décédés contre 55 en 2020; âges médians respectifs de 73 et 64 ans. CONCLUSION: Le confinement de février 2021 s’est suivi d’une inversion de la tendance épidémique. Fin mars, l’épidémie se poursuit avec un TI de 63/100000 hbts. Alors que moins de 5000 personnes ont été vaccinées à deux doses, la vigilance est de mise pour ce territoire vulnérable.