Impact de la pandémie de COVID-19 sur la résistance aux antibiotiques en soins de ville et en Ehpad en France

INTRODUCTION: Les conséquences de la COVID-19 sur la résistance aux antibiotiques sont encore peu documentées en France. Nous avons comparé la proportion de souches d’E. coli producteur de bêta-lactamase à spectre étendu (E. coli-BLSE) dans les prélèvements cliniques réalisés en soins communautaires et en Ehpad en France avant et après le confinement lors de la 1(re) vague de COVID-19. MATÉRIELS ET MÉTHODES: Les antibiogrammes d’E. coli réalisés sur les prélèvements cliniques analysés par les laboratoires privés de 11 régions françaises participant au réseau de surveillance ont été inclus entre le 01/01/2019 et le 31/12/2020. Les données démographiques des patients ont également été comparées. Le taux de BLSE a été calculé en divisant le nombre d’E. coli-BLSE par le nombre total de souche d’E. coli. Les taux avant et après la phase de confinement ont été comparés par analyse univariée après stratification par sexe, âge, type de prélèvement et localisation géographique. Une analyse de série chronologique interrompue a été effectuée pour évaluer les modifications de tendance de taux d’E. coli-BLSE avant, pendant et après le confinement général de la population en mars 2020 en France. RÉSULTATS: Les laboratoires participants ont transmis 535 843 antibiogrammes d’E. coli, dont 18 901 réalisés en Ehpad. Les souches analysées provenaient à 99,3% de prélèvements urinaires. En soins primaires, la proportion de E.coli-BLSE était de 3,2% (mini-maxi mensuels: 2,9 %–3,4 %) avant mars 2020 et 3,0 % (2 %–3,2 %) à partir de mai 2010 (p < 0,001). Avant mars 2020, le taux de E. coli-BLSE progressait lentement (augmentation de 0,0005 %/mois). Une diminution significative du nombre de prélèvements positifs à E.coli était observé pendant le confinement comparativement à la même période en 2019 (−15,2%, p < 0,001). À partir du 11 mai 2020, le taux d’E. coli-BLSE diminuait de 0,03 %/mois. Cette décroissance amorcée après le confinement s’est maintenue jusqu’à la fin de l’année. Des différences significatives entre les deux périodes étaient par ailleurs constatées chez les femmes (2,7 % vs 2,5 %, p < 0,01), chez les 40–64 ans (2,7 % vs 2,5 %, p < 0,01) et dans l’Est de la France (3,1 % vs 2,7 %, p = 0,02). En Ehpad, la proportion d’E. coli-BLSE était de 10 % (mini-maxi mensuels : 8,2 %–12,0 %) avant mars 2020 et de 8,9 % (7,6 %–9,7 %) après mai 2020 (p < 0,001). Avant mars 2020, le taux d’E. coli-BLSE évoluait à la baisse (−0,08%/mois). Ce taux de décroissance ralentissait à–0,04 %/mois à partir du mois de mai 2020. Dans cette population, il était constaté des différences significatives entre les deux périodes pour les individus de la tranche d’âge 85–94 ans (10,0 % vs 8,7%, p = 0,03) et dans la région Ouest (7,5 % vs 5,4 %, p < 0,01). CONCLUSION: Ces résultats suggèrent de potentiels impacts de la pandémie de COVID-19 sur l’épidémiologie des E. coli-BLSE en France. Des modifications de comportement de prescription d’antibiotiques, de brassage de population et de maîtrise des infections pourraient expliquer ces modifications observées et nécessitent d’être explorés.