Apport de la PCR multiplex dans la description de l’écologie microbienne des infections respiratoires au cours de la pandémie COVID-19

INTRODUCTION: Le diagnostic étiologique des infections respiratoires nécessite d’être réalisé rapidement pour une prise en charge efficace des patients, l’identification du germe n’est pas toujours concluante d’où l’intérêt de la connaissance de l’épidémiologie microbienne. BUT: L’objectif principal de notre étude était d’identifier les bactéries et les virus responsables des infections respiratoires au cours de la pandémie COVID-19 et de les comparer aux données de la littérature. MÉTHODES: Il s’agit d’une étude prospective incluant les malades hospitalisés au service de pneumologie du CHU de Marrakech parallèlement à la pandémie COVID-19 de juin 2020 à août 2021 et qui présentent des signes cliniques évocatrices d’infection respiratoire ainsi chez qui l’examen cytobactériologique des expectorations n’a pas identifié de germe, nous avons réalisé une PCR multiplex panel bas pour l’identification du germe responsable. RÉSULTATS: Trente-sept patients ont été inclus, d’âge moyen de 48 ans, une nette prédominance masculine avec un sex-ratio de 2,7. Quatre pneumonies, 2 bronchopneumonies, 4 carcinomes bronchiques surinfectés, 6 cas de surinfection de DDB, 4 cas d’exacerbation de PID, un cas d’exacerbation d’asthme, 4 pyothorax, 9 exacerbations de BPCO, 3 pneumothorax avec surinfection bronchique. La PCR respiratoire est revenue négative chez 13 cas (35 %), nous avons mis en évidence une infection virale chez 8 cas (21 %) : 2 cas de Human Rhinovirus, 3 cas Influenzae H3N1, 1 cas de grippe A(H1), 2 cas de Para Influenzae. Une infection bactérienne chez 14 cas (37 %) : 3 cas d’HI, 2 cas de staphylocoque aureus, 2 cas de staphylocoque coagulase négative, 2 Klebsiella pneumoniae, 3 cas de pneumocoque, 1 cas d’Escherichia coli, 1 cas de streptocoque coagulase négative. L’association d’infection virale et bactérienne à été noté dans 2 cas (5 %) fait d’Enterobacter et Human Virus. CONCLUSION: La fréquence des germes retrouvés varie dans le temps et l’espace, mais les germes les plus fréquemment en cause, dans les séries de la littérature sont le Streptococcus pneumoniae, Influenza A, Mycoplasma pneumoniae, Hemophilus influenzae, notre étude laisse suspecter un changement de l’épidémiologie microbienne des infections respiratoires au cours de la pandémie COVID-19, probablement expliqué par les mesures barrières, intérêt des études multicentriques.