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ANÁLISE DA METODOLOGIA LAMP PARA O DIAGNÓSTICO DE SARS-COV-2 EM AMOSTRAS DE NASOFARINGE
INTRODUÇÃO: A COVID-19 é uma infecção causada pelo SARS-CoV-2 um vírus altamente patogênico e de grande facilidade de adaptação a novos hospedeiros, possivelmente por sua alta taxa de recombinação viral, que traz desde sintomas leves como tosse seca, febre, diarreia, perda de olfato e paladar, até s...
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Formato: | Online Artículo Texto |
Lenguaje: | English |
Publicado: |
Published by Elsevier Editora Ltda.
2022
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Acceso en línea: | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8829336/ http://dx.doi.org/10.1016/j.bjid.2021.102004 |
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author | Quebing, Caticibele Gamarra Balzan, Lisiane da Luz Rocha Cantarelli, Vlademir Vicente |
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description | INTRODUÇÃO: A COVID-19 é uma infecção causada pelo SARS-CoV-2 um vírus altamente patogênico e de grande facilidade de adaptação a novos hospedeiros, possivelmente por sua alta taxa de recombinação viral, que traz desde sintomas leves como tosse seca, febre, diarreia, perda de olfato e paladar, até sintomas mais graves como dificuldade para respirar, dor ou pressão no peito, e muitas vezes levando ao óbito. Com o seu advento, e aumento de forma exponencial, se viu a necessidade de cada vez mais se obter testes de triagem e de diagnóstico com mais rapidez. Se sabe que a SARS-CoV-2 é um vírus RNA, da família Coronaviridae, e que a RT-qPCR é o método padrão-ouro no seu diagnóstico, possuindo alta sensibilidade, porém requer procedimentos mais onerosos e complexos. Como alternativa tem se investigado a utilização da amplificação isotérmica mediada por loop(LAMP), que além de baixo custo, faz uso de procedimentos mais simples. METODOLOGIA: Para a análise foi realizado um estudo transversal descritivo, sendo testadas 253 amostras de nasofaringe, de resultados já conhecidos para RT-qPCR, através da metodologia RT-LAMP colorimétrico que possui tempo de incubação em banho-maria a seco de 45min, e resultado lido através da alteração de cor na reação. Para avaliação dos resultados foram utilizados dados de especificidade, sensibilidade, VPP (valor preditivo positivo) e VPN (valor preditivo negativo). RESULTADOS: Os resultados obtidos foram divididos em 3 grupos, no 1° foram consideradas as amostras com carga viral alta, CT abaixo de 29, que respectivamente apresentaram sensibilidade, especificidade, VPP e VPN de 83%, 100%, 100% e 96%, no 2° se tem amostras de carga viral baixa, CT acima de 30, onde foram obtidos os resultados de 30%, 100%, 100% e 96%, e no 3° foram avaliadas todas as amostras, no qual foram obtidos os resultados de 75%, 100%, 100% e 93%, onde 198 amostras eram verdadeiro-negativo, 41 verdadeiro-positivo, nenhum falso-positivo e 14 amostras falso-negativo. CONCLUSÃO: Em concordância com artigos já publicados foi possível verificar que o método possui sensibilidade de 75%, com uma acurácia de 94%, mostrando ser viável o seu uso na detecção do vírus, principalmente em ambientes com poucos recursos, diferente do método padrão-ouro utilizado. |
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spelling | pubmed-88293362022-02-10 ANÁLISE DA METODOLOGIA LAMP PARA O DIAGNÓSTICO DE SARS-COV-2 EM AMOSTRAS DE NASOFARINGE Quebing, Caticibele Gamarra Balzan, Lisiane da Luz Rocha Cantarelli, Vlademir Vicente Braz J Infect Dis Pi 008 INTRODUÇÃO: A COVID-19 é uma infecção causada pelo SARS-CoV-2 um vírus altamente patogênico e de grande facilidade de adaptação a novos hospedeiros, possivelmente por sua alta taxa de recombinação viral, que traz desde sintomas leves como tosse seca, febre, diarreia, perda de olfato e paladar, até sintomas mais graves como dificuldade para respirar, dor ou pressão no peito, e muitas vezes levando ao óbito. Com o seu advento, e aumento de forma exponencial, se viu a necessidade de cada vez mais se obter testes de triagem e de diagnóstico com mais rapidez. Se sabe que a SARS-CoV-2 é um vírus RNA, da família Coronaviridae, e que a RT-qPCR é o método padrão-ouro no seu diagnóstico, possuindo alta sensibilidade, porém requer procedimentos mais onerosos e complexos. Como alternativa tem se investigado a utilização da amplificação isotérmica mediada por loop(LAMP), que além de baixo custo, faz uso de procedimentos mais simples. METODOLOGIA: Para a análise foi realizado um estudo transversal descritivo, sendo testadas 253 amostras de nasofaringe, de resultados já conhecidos para RT-qPCR, através da metodologia RT-LAMP colorimétrico que possui tempo de incubação em banho-maria a seco de 45min, e resultado lido através da alteração de cor na reação. Para avaliação dos resultados foram utilizados dados de especificidade, sensibilidade, VPP (valor preditivo positivo) e VPN (valor preditivo negativo). RESULTADOS: Os resultados obtidos foram divididos em 3 grupos, no 1° foram consideradas as amostras com carga viral alta, CT abaixo de 29, que respectivamente apresentaram sensibilidade, especificidade, VPP e VPN de 83%, 100%, 100% e 96%, no 2° se tem amostras de carga viral baixa, CT acima de 30, onde foram obtidos os resultados de 30%, 100%, 100% e 96%, e no 3° foram avaliadas todas as amostras, no qual foram obtidos os resultados de 75%, 100%, 100% e 93%, onde 198 amostras eram verdadeiro-negativo, 41 verdadeiro-positivo, nenhum falso-positivo e 14 amostras falso-negativo. CONCLUSÃO: Em concordância com artigos já publicados foi possível verificar que o método possui sensibilidade de 75%, com uma acurácia de 94%, mostrando ser viável o seu uso na detecção do vírus, principalmente em ambientes com poucos recursos, diferente do método padrão-ouro utilizado. Published by Elsevier Editora Ltda. 2022-01 2022-02-10 /pmc/articles/PMC8829336/ http://dx.doi.org/10.1016/j.bjid.2021.102004 Text en Copyright © 2021 Published by Elsevier Editora Ltda. Since January 2020 Elsevier has created a COVID-19 resource centre with free information in English and Mandarin on the novel coronavirus COVID-19. The COVID-19 resource centre is hosted on Elsevier Connect, the company's public news and information website. Elsevier hereby grants permission to make all its COVID-19-related research that is available on the COVID-19 resource centre - including this research content - immediately available in PubMed Central and other publicly funded repositories, such as the WHO COVID database with rights for unrestricted research re-use and analyses in any form or by any means with acknowledgement of the original source. These permissions are granted for free by Elsevier for as long as the COVID-19 resource centre remains active. |
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