Diagnostic couplé des virus grippaux et du SARS-CoV-2 : évaluation de 2 tests moléculaires

INTRODUCTION: Les tableaux cliniques parfois indiscernables entre infections Covid-19 et grippe, et la réapparition d'une épidémie modérée de grippe en France durant l'hiver 2021-2022, ont confirmé l'intérêt d'une détection couplée. Le laboratoire de virologie de notre CHU assure le diagnostic moléculaire du SARS-CoV-2 et des autres virus respiratoires par différentes techniques, pour analyser un grand nombre de prélèvements sur automate de grande capacité et répondre en parallèle à l'urgence à l'aide de tests unitaires Nous avons évalué les performances par rapport aux techniques de routine, d'une trousse combinée sur un automate de grande capacité, et une PCR rapide grippe-Covid. MATÉRIELS ET MÉTHODES: Des prélèvements initialement trouvés négatifs ou positifs en SARS-CoV-2 ou grippe A ou grippe B par technique Simplexa™ COVID-19 Direct et Simplexa™ Flu A/B & RSV Direct ont été testés selon les recommandations des fabricants avec les trousses Aptima™ SARS-CoV-2/Flu Assay (Panther System, Hologic), et Simplexa™ COVID-19 & FLU A/B Direct (Liaison MDX, Diasorin). RÉSULTATS: Les échantillons négatifs (n=12) ont été retrouvés négatifs par les 2 techniques. Concernant les virus grippaux, les positifs, sélectionnés sur une large gamme de Ct de la PCR initiale (réalisée en 2019 et début 2020), ont tous été retrouvés positifs par les 2 techniques évaluées (n=12 grippes A et 12 grippes B). Avec le test Aptima, une bonne corrélation a été observée entre le Ct de la PCR initiale et le T time de la détection en TMA. En PCR combo Simplexa, les Ct se sont révélés plus précoces que ceux de la PCR initiale, avec une différence moyenne de -6,63 (min -7,6 ; max -5,2) pour la grippe A et -10,49 (min -17,9 ; max -6,9) pour la grippe B. Cependant la PCR initiale était de 1(ère) génération et un retest avec le kit Simplexa Flu A/B & RSV Direct Gen II utilisé depuis fin 2020 (n=4 grippes A et 3 grippes B) a minimisé cet écart moyen à -1,60 Ct pour les 2 virus grippaux. Concernant le SARS-CoV-2, sur une large gamme de Ct de la PCR initiale, 14 positifs /15 ont été retrouvés par le test Aptima et 12/15 par le test Simplexa, une des discordances portant sur le même échantillon. Pour le test Aptima, une bonne corrélation a été observée entre le Ct de PCR initiale et le T time de TMA (confirmé au cours de l'utilisation ultérieure en routine), et l'échantillon non retrouvé était initialement très faiblement positif. Pour le test Simplexa, les Ct en PCR combo se sont révélés plus précoces (différence moyenne -0,75 ; min -4,85 ; max +3,5), et les 3 échantillons non retrouvés étaient initialement très faiblement positifs (2/3 non retrouvés au retest par technique initiale). CONCLUSION: Les 2 trousses combinées Grippe-Covid19 ont présenté des performances satisfaisantes et une sensibilité égale ou supérieure à la technique comparative. Le test Aptima est compatible avec une utilisation à haut débit, avec un rendu de résultat en 2h30 ; le test Simplexa est un test d'urgence avec un rendu en 80 minutes pour 1 à 8 échantillons. Les 2 trousses donnent une estimation semi-quantitative du niveau de génome viral, utile pour le suivi longitudinal des infections virales. Aucun lien d'intérêt