Circulation des variants du SARS-CoV-2 en milieu insulaire ultra-marin

INTRODUCTION: Dans cette région d'Outre-Mer, les premiers cas de COVID-19 ont été détectés le 11 mars 2020 chez un groupe de personnes de retour de voyage. En réponse, une surveillance épidémiologique régionale basée sur le « contact-tracing » et l'identification de clusters a rapidement été mise en place. De mars à juillet 2020, les cas ont été importés ou autochtones sporadiques, puis la circulation virale s'est intensifiée sur l'île à partir d'août 2020 à la fin des vacances scolaires. En janvier 2021, une surveillance génomique locale a été mise en place suite à l'émergence de variants du SARS-CoV-2. MATÉRIELS ET MÉTHODES: Du 04 janvier 2021 au 06 juin 2021, 1 528 génomes ont été séquencés, soit 8,3 % des cas de COVID-19 sur la période. La sélection de prélèvements à séquencer était pseudo-aléatoire, avec une sélection ciblée en fonction de caractéristiques épidémiologiques ou cliniques atypiques (ex : cas importés, cas graves). Les distributions de lignages génétiques dans l'Océan indien et dans certains pays d'Afrique ont été extraites de la base de données GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data). RÉSULTATS: Au total, 22 lignages du SARS-CoV-2 ont été identifiés et 71 % des observations étaient attribuées au variant Beta (B.1.351 et B.1.351.2). Ce variant a été détecté pour la première fois la première semaine de janvier 2021, dès le lancement des activités de séquençage. Pendant les six premières semaines de l'année 2021, la majorité des lignages détectés correspondait à des variants circulant activement en Europe (ex : B.1.160, B.1.177), illustrant l'impact des flux de voyageurs sur la dynamique de la COVID-19 sur l'île. Selon les données GISAID, le lignage B.1.622 serait spécifique à l'île car aucun autre territoire n'a identifié de séquences de ce variant. Le variant Beta est devenu dominant à partir de mi-février 2021, malgré une circulation à bas-bruit du variant Alpha (B.1.1.7) qui était alors dominant en métropole. En plus de sa transmissibilité accrue, d'autres facteurs génétiques et épidémiologiques auraient pu expliquer la dominance du variant Beta, dont une fréquence d'introduction plus importante (flux de voyageurs) et les contextes locaux et régionaux. En effet, la proximité géographique et les mouvements de population avec d'autres îles de la région relient indirectement l'île au pays d'où serait originaire le variant Beta. Deux sous-lignages du variant Beta ont été détectés. B.1.351.2 représentait trois fois plus de séquences que B.1.351. Les données disponibles dans GISAID suggèrent qu'il aurait été importé depuis son pays d'origine vers d'autres îles de l'Océan indien avant d'être introduit sur l'île, compte tenu des flux de voyageurs entre les régions concernées et l'importante épidémie liée variant Beta ayant eu lieu sur une île voisine de janvier à mi-mars 2021. CONCLUSION: Cette étude permet de mieux comprendre les interactions entre les variants du SARS-CoV-2 sur l'île, qui représente un système fermé avec contrôle des entrées. L'étude illustre aussi l'impact des flux de voyageurs sur la dynamique de la COVID-19 en milieu insulaire, et ouvre des perspectives de travaux en épidémiologie génomique pour mieux comprendre les mécanismes d'émergence de variants dominants. Aucun lien d'intérêt