Impact de la pandémie COVID-19, des mesures barrières et du confinement sur le profil microbiologique des exacerbations aiguës de BPCO

INTRODUCTION: Les modes de transmission du SARS-CoV-2, du virus influenzae, ainsi qu’autres micro-organismes présents dans l’air, composant le microbiote respiratoire, étant similaires, on peut s’attendre à l’impact des mesures barrières et de réduction des interactions physiques sur le microbiote respiratoire et par conséquent sur le profil microbiologique des exacerbations aiguës de BPCO (EABPCO). De plus, certains travaux soulignent l’impact de l’infection COVID-19 sur le microbiote intestinal. Le microbiote intestinal et respiratoire étant étroitement liés, on peut en déduire l’impact du COVID-19 sur le microbiote respiratoire. OBJECTIF: Évaluer l’impact de la pandémie COVID-19 sur l’incidence des EABPCO, décrire le profil microbiologique des EABPCO avant et à l’ère du COVID-19 et identifier les facteurs de risque des principaux germes en cause dans les EABPCO. MÉTHODES: Étude observationnelle cas-témoins, allant de janvier 2019 à juillet 2022, menée à l’hôpital Louis-Mourier AP–HP, dans le service de pneumologie. L’identification des spécimens microbiologiques a été faite à l’aide de l’examen cytobactériologique des expectorations, l’aspiration bronchique et par PCR pannel respiratoire des écouvillons nasopharyngés. Au total, 142 patients ont été inclus repartis en 2 groupes. Le groupe 1 (témoins), correspondant à la période avant l’ère de la pandémie COVID-19 (janvier 2019 à mars 2020) et le groupe 2 (cas), celui de l’ère de la pandémie COVID-19 (mars 2020 à juillet 2022). RÉSULTATS: Notre étude a rapporté une baisse du taux d’incidence des EABPCO à l’ère du COVID-19 (52,6 cas/an versus 32,6 cas/an) et une baisse de l’incidence des EABPCO par infection bactérienne (56 % versus 39,5 %, p = 0,03). A contrario, une augmentation de celle des infections virales (12,2 % versus 25 %, p = 0,03). L’analyse comparative du profil microbiologique avant et à l’ère du COVID-19 a montré une baisse de l’incidence des EABPCO par H. influenzae et par le virus influenzae (23 % versus 15,9 %, p = 0,02 ; 14,3 versus 1,5 %, p = 0,01, respectivement). A contrario, une augmentation significative de celle du Pseudomonas aeruginosa (8,8 % versus 26,1 %, p = 0,01). L’âge ≥ 75 ans, le VEMS < 30 % et la prise d’antibiotique dans les 3 mois avant l’hospitalisation ont été des facteurs de risque d’EABPCO à P. aeruginosa (OR ajusté 5,6 [1,6 ; 19,7], p = 0,007 ; 4,5 [1,1 ; 18,1], p = 0,03 ; 3,3 [1,1 ; 9,8], p = 0,03, respectivement). Le seul facteur de risque associé à l’H. influenzae a été le tabagisme actif (OR ajusté 4,4 [1,8 ; 10,9], p = 0,001). CONCLUSION: Impact de la pandémie COVID-19, des mesures barrières et de réduction des interactions physiques sur l’incidence et sur le profil microbiologique d’EABPCO. Augmentation de l’incidence d’EABPCO par infection à P. aeruginosa à l’ère du COVID-19 favorisée par le dysmicrobisme respiratoire inhérent à la modification du microbiote respiratoire et aux facteurs de risque propres à l’hôte.