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1por Varela-Rial, Alejandro, Maryanow, Iain, Majewski, Maciej, Doerr, Stefan, Schapin, Nikolai, Jiménez-Luna, José, De Fabritiis, Gianni“…In a previous study, we presented K(DEEP), a convolutional neural network that predicted the binding affinity of a given protein–ligand complex while reaching state-of-the-art performance. …”
Publicado 2022
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3“…Being rigorously trained on the PDBbind dataset, the model achieves the Pearson correlation coefficient of 0.87 and the RMSE value of 1.05 in pK units, outperforming recently developed 3D convolutional neural network model K(deep).…”
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4por Ansari, Aneesa, Rahman, Md. Shahedur, Saha, Subbroto K., Saikot, Forhad K., Deep, Akash, Kim, Ki‐HyunEnlace del recurso
Publicado 2016
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5por Shrivastav, Vishal, Sundriyal, Shashank, Goel, Priyanshu, Saha, Avishek, Tiwari, Umesh K., Deep, AkashEnlace del recurso
Publicado 2021
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6por Chrobak, Elwira, Jastrzębska, Maria, Bębenek, Ewa, Kadela-Tomanek, Monika, Marciniec, Krzysztof, Latocha, Małgorzata, Wrzalik, Roman, Kusz, Joachim, Boryczka, Stanisław“…The relative binding affinity of selected phosphate betulin derivatives toward EGFR was compared with standard erlotinib on the basis of ChemScore and K(DEEP) score. Positively, all derivatives docked inside the cavity and showed significant interactions. …”
Publicado 2021
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7por Nambiar, Dhanya K., Deep, Gagan, Singh, Rana P., Agarwal, Chapla, Agarwal, RajeshEnlace del recurso
Publicado 2014
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8por Grover, Sandeep, Sahoo, Swapnajeet, Mishra, Kshirod K., Deep, Raman, Nebhinani, Naresh, Bhattacharya, Ranjan, Aneja, Jitender, Kalivayalil, Roy A., Chaterjee, Seshadri S., Menon, Vikas, Subramanyam, Alka A., Punnoose, Varghese P., Desouza, Avinash, Mehra, Aseem, Subodh, BN, Avasthi, AjitEnlace del recurso
Publicado 2023
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10por Addetia, Amin, Tantalo, Lauren C., Lin, Michelle J., Xie, Hong, Huang, Meei-Li, Marra, Christina M., Greninger, Alexander L.“…Using a newly developed full-length tprK deep sequencing protocol, we profiled the diversity of this gene that far outpaces the rest of the genome. …”
Publicado 2020
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11por McCaw, Zachary R., Colthurst, Thomas, Yun, Taedong, Furlotte, Nicholas A., Carroll, Andrew, Alipanahi, Babak, McLean, Cory Y., Hormozdiari, Farhad“…When applied to 10 phenotypes from the UK Biobank (n = 370K), DeepNull discovered more hits (+6%) and loci (+7%), on average, than conventional association analyses, many of which are biologically plausible or have previously been reported. …”
Publicado 2022
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12por Shrivastav, Vishal, Mansi, Dubey, Prashant, Shrivastav, Vaishali, Kaur, Ashwinder, Hołdyński, Marcin, Krawczyńska, Agnieszka, Tiwari, Umesh K., Deep, Akash, Nogala, Wojciech, Sundriyal, ShashankEnlace del recurso
Publicado 2023
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13por Panigrahi, Gati K., Praharaj, Prakash P., Kittaka, Hiroki, Mridha, Asit R., Black, Olen M., Singh, Rakesh, Mercer, Roger, van Bokhoven, Adrie, Torkko, Kathleen C., Agarwal, Chapla, Agarwal, Rajesh, Abd Elmageed, Zakaria Y., Yadav, Hariom, Mishra, Santosh K., Deep, GaganEnlace del recurso
Publicado 2019
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14por Marciniec, Krzysztof, Beberok, Artur, Pęcak, Paweł, Boryczka, Stanisław, Wrześniok, Dorota“…Moreover, lower binding energy values obtained from K(DEEP) program were stated when compared to nelfinavir. …”
Publicado 2020
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15por Lin, Michelle J., Haynes, Austin M., Addetia, Amin, Lieberman, Nicole A. P., Phung, Quynh, Xie, Hong, Nguyen, Tien V., Molini, Barbara J., Lukehart, Sheila A., Giacani, Lorenzo, Greninger, Alexander L.“…Here, combining longitudinal tprK deep sequencing of near clonal Chicago C from immunocompetent and immunosuppressed rabbits along with the newly developed in vitro cultivation system for T. pallidum, we directly characterized TprK alleles in the presence and absence of immune selection. …”
Publicado 2021
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17por Guo, Chunyu, Putzke, Carsten, Konyzheva, Sofia, Huang, Xiangwei, Gutierrez-Amigo, Martin, Errea, Ion, Chen, Dong, Vergniory, Maia G., Felser, Claudia, Fischer, Mark H., Neupert, Titus, Moll, Philip J. W.“…The eMChA signal becomes significant only at temperatures below [Formula: see text] 35 K, deep within the charge-ordered state of CsV(3)Sb(5) (T(CDW) ≈ 94 K). …”
Publicado 2022
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