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101por Maiolo, Massimo, Gatti, Lorenzo, Frei, Diego, Leidi, Tiziano, Gil, Manuel, Anisimova, Maria“…The source code is freely available on GitHub at https://github.com/acg-team/ProPIP and is distributed under the terms of the GNU GPL v3 license. CONCLUSIONS: The use of an explicit indel evolution model allows to avoid over-alignment, to infer gaps in a phylogenetically consistent way and to make inferences about the rates of insertions and deletions. …”
Publicado 2021
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102“…Ebbie is available under GNU GPL and currently implemented on CONCLUSION: Ebbie was designed for medium sized smRNA cloning projects with about 1,000 database entries [6-8].Ebbie can be used for any type of sequence analysis where two constant primer regions flank a sequence of interest. …”
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103por Sroka, Jacek, Bieniasz-Krzywiec, Łukasz, Gwóźdź, Szymon, Leniowski, Dariusz, Łącki, Jakub, Markowski, Mateusz, Avignone-Rossa, Claudio, Bushell, Michael E, McFadden, Johnjoe, Kierzek, Andrzej M“…RESULTS: Here, we present Acorn, an open source (GNU GPL) grid computing system for constraint-based simulations of genome scale metabolic reaction networks within an interactive web environment. …”
Publicado 2011
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104MASTR-MS: a web-based collaborative laboratory information management system (LIMS) for metabolomicspor Hunter, Adam, Dayalan, Saravanan, De Souza, David, Power, Brad, Lorrimar, Rodney, Szabo, Tamas, Nguyen, Thu, O’Callaghan, Sean, Hack, Jeremy, Pyke, James, Nahid, Amsha, Barrero, Roberto, Roessner, Ute, Likic, Vladimir, Tull, Dedreia, Bacic, Antony, McConville, Malcolm, Bellgard, Matthew“…It is freely available under the GNU GPL v3 licence and can be accessed from, https://muccg.github.io/mastr-ms/. …”
Publicado 2016
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105“…The TFTenricher is available as a Python 3 toolbox at https://github.com/rasma774/Tftenricher, under a GNU GPL license and with minimal dependencies. SUPPLEMENTARY INFORMATION: The online version contains supplementary material available at 10.1186/s12859-021-04357-4.…”
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106“…The software and datasets are available under the GNU GPL on the supplementary material web page.…”
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107por Zych, Konrad, Li, Yang, van der Velde, Joeri K, Joosen, Ronny VL, Ligterink, Wilco, Jansen, Ritsert C, Arends, Danny“…Pheno2Geno is freely available on CRAN under “GNU GPL v3”. The Pheno2Geno package as well as the tutorial can also be found at: http://pheno2geno.nl. …”
Publicado 2015
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108“…An optimized C++ implementation of Meta-Apo is available on GitHub (https://github.com/qibebt-bioinfo/meta-apo) under a GNU GPL license. It takes the functional profiles of a few paired WGS:16S-amplicon samples as training, and outputs the calibrated functional profiles for the much larger number of 16S-amplicon samples.…”
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109por Adams, Thomas M., Smith, Moray, Wang, Yuhan, Brown, Lynn H., Bayer, Micha M., Hein, Ingo“…All code is freely available and is distributed under the GNU GPL-3.0 license. CONCLUSIONS: HISS provides a user-friendly, portable, and easily customised approach for identifying novel disease resistance genes in plants. …”
Publicado 2023
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110por Arnaiz, Olivier, Van Dijk, Erwin, Bétermier, Mireille, Lhuillier-Akakpo, Maoussi, de Vanssay, Augustin, Duharcourt, Sandra, Sallet, Erika, Gouzy, Jérôme, Sperling, Linda“…TrUC software is freely distributed under a GNU GPL v3 licence (https://github.com/oarnaiz/TrUC). …”
Publicado 2017
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111por Vidal, Adrien, Gauthier, Franck, Rodrigez, Willy, Guiglielmoni, Nadège, Leroux, Damien, Chevrolier, Nicolas, Jasson, Sylvain, Tourrette, Elise, Martin, Olivier C., Falque, Matthieu“…SeSAM is freely available under a GNU GPL v3 license and works on Linux, Windows, and macOS platforms. …”
Publicado 2022
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112por Ferragina, Paolo, Giancarlo, Raffaele, Greco, Valentina, Manzini, Giovanni, Valiente, Gabriel“…The software and data sets are available under the GNU GPL at the supplementary material web page.…”
Publicado 2007
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