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Contributions in ontology
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201por Malladi, Venkat S., Erickson, Drew T., Podduturi, Nikhil R., Rowe, Laurence D., Chan, Esther T., Davidson, Jean M., Hitz, Benjamin C., Ho, Marcus, Lee, Brian T., Miyasato, Stuart, Roe, Gregory R., Simison, Matt, Sloan, Cricket A., Strattan, J. Seth, Tanaka, Forrest, Kent, W. James, Cherry, J. Michael, Hong, Eurie L.“…Additionally, we provide examples of how ontologies are used to annotate ENCODE metadata and how the annotations can be identified via ontology-driven searches at the ENCODE portal. …”
Publicado 2015
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202Publicado 2014“…The Gene Ontology (GO; http://www.geneontology.org) is a community-based bioinformatics resource that supplies information about gene product function using ontologies to represent biological knowledge. …”
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203por Baran, Joachim, Durgahee, Bibi Sehnaaz Begum, Eilbeck, Karen, Antezana, Erick, Hoehndorf, Robert, Dumontier, Michel“…The latest stable release of the ontology is available via its base URI; previous and development versions are available at the ontology’s GitHub repository: https://github.com/BioInterchange/Ontologies; versions of the ontology are indexed through BioPortal (without external class-/property-equivalences due to BioPortal release 4.10 limitations); examples and reference documentation is provided on a separate web-page: http://www.biointerchange.org/ontologies.html. …”
Publicado 2015
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204“…A semantic approach, FROG: “FingeRprinting Ontology of Genomic variations” is implemented to label variation data, based on its location, function and interactions. …”
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205por Soldatova, Larisa N., Collier, Nigel, Oellrich, Anika, Groza, Tudor, Verspoor, Karin, Rocca-Serra, Philippe, Dumontier, Michel, Shah, Nigam H.“…The bio-ontologies and phenotypes special issue includes eight papers selected from the 11 papers presented at the Bio-Ontologies SIG (Special Interest Group) and the Phenotype Day at ISMB (Intelligent Systems for Molecular Biology) conference in Boston in 2014. …”
Publicado 2015
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206“…To address this, we have developed Ion Channel ElectroPhysiology Ontology (ICEPO), an ontology that allows one to annotate the electrophysiological parameters of the voltage-gated class of ion channels. …”
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207por Brochhausen, Mathias, Zheng, Jie, Birtwell, David, Williams, Heather, Masci, Anna Maria, Ellis, Helena Judge, Stoeckert, Christian J.“…The merging was facilitated by the fact that both ontologies use the same Upper Ontology and re-use classes from a similar set of pre-existing ontologies. …”
Publicado 2016
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208por Hill, David P., D’Eustachio, Peter, Berardini, Tanya Z., Mungall, Christopher J., Renedo, Nikolai, Blake, Judith A.“…The Gene Ontology (GO), representing Molecular Functions, Biological Processes and Cellular Components, incorporates many aspects of biological pathways within its ontological representations. …”
Publicado 2016
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209Publicado 2017“…The Gene Ontology (GO) is a comprehensive resource of computable knowledge regarding the functions of genes and gene products. …”
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210“…BACKGROUND: Anatomy ontologies play an increasingly important role in developing integrated bioinformatics applications. …”
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211“…We address this problem by grounding implicit and explicit database content in a formal-ontological framework. METHODS: By using a typical extract from the databases UniProt and Ensembl, annotated with content from GO, PR, ChEBI and NCBI Taxonomy, we created four ontological models (in OWL), which generate explicit, distinct interpretations under the BioTopLite2 (BTL2) upper-level ontology. …”
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212por Lewis, Suzanna E“…The Gene Ontology consortium began six years ago with a group of scientists who decided to connect our data by sharing the same language for describing it. …”
Publicado 2005
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213por Gkoutos, Georgios V, Green, Eain CJ, Mallon, Ann-Marie, Hancock, John M, Davidson, Duncan“…Here we describe a novel, compositional approach to this problem which combines core ontologies from a variety of sources. This produces a framework with greater flexibility, power and economy than previous approaches. …”
Publicado 2005
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214“…Determining the collective network of such interactions is an important aspect of understanding the role and regulation of individual proteins. The Gene Ontology (GO) is used by model organism databases and other bioinformatics resources to provide functional annotation of proteins. …”
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215por Roncaglia, Paola, van Dam, Teunis J. P., Christie, Karen R., Nacheva, Lora, Toedt, Grischa, Huynen, Martijn A., Huntley, Rachael P., Gibson, Toby J., Lomax, Jane“…We engaged the broader cilia community via direct consultation and by referring to the literature. Ontology updates were implemented via ontology editing tools. …”
Publicado 2017
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216por Rodríguez-García, Miguel Ángel, Gkoutos, Georgios V., Schofield, Paul N., Hoehndorf, Robert“…We have previously developed PhenomeNET, a system for disease gene prioritization that includes as one of its components an ontology designed to integrate phenotype ontologies. …”
Publicado 2017
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217por Faria, Daniel, Pesquita, Catia, Mott, Isabela, Martins, Catarina, Couto, Francisco M., Cruz, Isabel F.“…BACKGROUND: Biomedical ontologies pose several challenges to ontology matching due both to the complexity of the biomedical domain and to the characteristics of the ontologies themselves. …”
Publicado 2018
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218“…Here, we will elaborate on how ontology mapping and usage can be used to find and correct errors in a manually curated database. …”
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219“…BACKGROUND: In this paper, we discuss the design and development of a formal ontology to describe misinformation about vaccines. …”
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220por Moreno-Conde, A., Parra-Calderón, Carlos Luis, Sánchez-Seda, S., Escobar-Rodríguez, G.A., López-Otero, M., Cussó, L., del-Cerro-García, R., Segura-Sánchez, M., Herrero-Urigüen, L., Martí-Ras, N., Albertí-Ibarz, M., Desco, M.“…Concepts were then conceptualised, formalised and implemented in an ontology. RESULTS: The ontology defined describes how relationships between employees, organisations, projects and ideas can be applied to generate results that are transferrable to the market, general public and scientific forums. …”
Publicado 2019
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