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Contributions in ontology
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801por Cooper, Laurel, Walls, Ramona L., Elser, Justin, Gandolfo, Maria A., Stevenson, Dennis W., Smith, Barry, Preece, Justin, Athreya, Balaji, Mungall, Christopher J., Rensing, Stefan, Hiss, Manuel, Lang, Daniel, Reski, Ralf, Berardini, Tanya Z., Li, Donghui, Huala, Eva, Schaeffer, Mary, Menda, Naama, Arnaud, Elizabeth, Shrestha, Rosemary, Yamazaki, Yukiko, Jaiswal, Pankaj“…The Plant Ontology (PO; http://www.plantontology.org/) is a publicly available, collaborative effort to develop and maintain a controlled, structured vocabulary (‘ontology’) of terms to describe plant anatomy, morphology and the stages of plant development. …”
Publicado 2013
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802“…In such systems ontologies capture formalized vocabularies of terms shared by its users. …”
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803“…We then mapped dataset specific types and relations to the Semanticscience Integrated Ontology (SIO) and demonstrate simplified federated queries across multiple Bio2RDF endpoints. …”
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804por Ison, Jon, Kalaš, Matúš, Jonassen, Inge, Bolser, Dan, Uludag, Mahmut, McWilliam, Hamish, Malone, James, Lopez, Rodrigo, Pettifer, Steve, Rice, Peter“…Results: EDAM is an ontology of bioinformatics operations (tool or workflow functions), types of data and identifiers, application domains and data formats. …”
Publicado 2013
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805por Balakrishnan, Rama, Harris, Midori A., Huntley, Rachael, Van Auken, Kimberly, Cherry, J. Michael“…The Gene Ontology Consortium (GOC) is a community-based bioinformatics project that classifies gene product function through the use of structured controlled vocabularies. …”
Publicado 2013
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806“…Each gene was encoded with a 13,126-dimensional vector including 12,887 Gene Ontology enrichment scores and 239 KEGG enrichment scores. …”
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807por Schleyer, Titus KL, Ruttenberg, Alan, Duncan, William, Haendel, Melissa, Torniai, Carlo, Acharya, Amit, Song, Mei, Thyvalikakath, Thankam P., Liu, Kaihong, Hernandez, Pedro“…This project presents an initial, ontology-based, method for secondary use of electronic dental record (EDR) data. …”
Publicado 201
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808por Eriksen, Thor Eirik, Kerry, Roger, Mumford, Stephen, Lie, Svein Anders Noer, Anjum, Rani Lill“…The aim is to first consider the epistemological problem of MUS in a wider ontological and phenomenological context, particularly in relation to causation. …”
Publicado 2013
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809The Endurance of Uncertainty: Antisociality and Ontological Anarchy in British Psychiatry, 1950–2010por Pickersgill, Martyn“…Here, I characterize the multiplicity of psychiatric praxis that has sought to define the mark of antisociality as a form of “ontological anarchy.” I regard this as an essential feature of the search for biological and other markers of an unstable referent, positing that uncertainties endure – in part – precisely because of attempts to build consensus regarding the ontology of antisociality through biomedical means. …”
Publicado 2014
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810“…The availability of powerful tools to handle ontologies devoted to certain areas of biomedicine has not resulted in a large-scale breakthrough beyond advances in basic research.…”
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811“…BACKGROUND: We built the Drug Ontology (DrOn) because we required correct and consistent drug information in a format for use in semantic web applications, and no existing resource met this requirement or could be altered to meet it. …”
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812“…BACKGROUND: The Zebrafish Anatomy Ontology (ZFA) is an OBO Foundry ontology that is used in conjunction with the Zebrafish Stage Ontology (ZFS) to describe the gross and cellular anatomy and development of the zebrafish, Danio rerio, from single cell zygote to adult. …”
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813por Dutkowski, Janusz, Ono, Keiichiro, Kramer, Michael, Yu, Michael, Pratt, Dexter, Demchak, Barry, Ideker, Trey“…The Network-extracted Ontology (NeXO) is a gene ontology inferred directly from large-scale molecular networks. …”
Publicado 2014
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814“…The 2013 “Vaccine and Drug Ontology Studies” (VDOS 2013) international workshop series focuses on vaccine- and drug-related ontology modeling and applications. …”
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815“…We have developed a three-layer ontological model of abnormal states from the generic to disease-specific level. …”
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816por Haendel, Melissa A, Balhoff, James P, Bastian, Frederic B, Blackburn, David C, Blake, Judith A, Bradford, Yvonne, Comte, Aurelie, Dahdul, Wasila M, Dececchi, Thomas A, Druzinsky, Robert E, Hayamizu, Terry F, Ibrahim, Nizar, Lewis, Suzanna E, Mabee, Paula M, Niknejad, Anne, Robinson-Rechavi, Marc, Sereno, Paul C, Mungall, Christopher J“…Single-species model organism anatomy ontologies (ssAOs) have been established to represent this variation. …”
Publicado 2014
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817por Huang, Jingshan, Dang, Jiangbo, Borchert, Glen M., Eilbeck, Karen, Zhang, He, Xiong, Min, Jiang, Weijian, Wu, Hao, Blake, Judith A., Natale, Darren A., Tan, Ming“…Our previous research has investigated the construction of a miR ontology, named Ontology for MIcroRNA Target Prediction (OMIT), the very first of its kind that formally encodes miR domain knowledge. …”
Publicado 2014
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818“…In this study, we performed gene ontology (GO) and pathway enrichment analysis of the TSGs and non-TSGs. …”
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819por Fang, Hai“…The dcGO is a comprehensive resource for protein domain annotations using a panel of ontologies including Gene Ontology. Although increasing in popularity, this database needs statistical and graphical support to meet its full potential. …”
Publicado 2014
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820“…This work provides a substantial computational improvement to an existing familywise error rate controlling multiplicity approach (the Focus Level method) for gene set testing in high throughput microarray and next generation sequencing studies using Gene Ontology graphs, which we call the Short Focus Level. …”
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