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462“…In this review, we focused on miR-146 and miR-125 and described the roles these miRNAs in modulating innate immune signaling. …”
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463“…RESULTS: We introduce PhyInformR, an open source software package that performs rapid calculation of phylogenetic information content using the latest advances in phylogenetic informativeness based theory. …”
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464“…The aim of the present study was to investigate the expression levels of miR-146a and miR-155 in a cardiac xenograft model treated with the immunosuppressant FK506, and to construct lentiviral vectors to further study the roles of miR-146a and miR-155 in cardiac xenotransplantation. …”
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465por Springate, David A., Parisi, Rosa, Olier, Ivan, Reeves, David, Kontopantelis, Evangelos“…In addition, certain aspects of the workflow are computationally intensive, for example extraction of longitudinal data and matching controls to a large cohort, which may take days or even weeks to run using standard software. The rEHR package simplifies and accelerates the process of extracting ready-for-analysis datasets from EHR databases. …”
Publicado 2017
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466por Cava, Claudia, Colaprico, Antonio, Bertoli, Gloria, Graudenzi, Alex, Silva, Tiago C., Olsen, Catharina, Noushmehr, Houtan, Bontempi, Gianluca, Mauri, Giancarlo, Castiglioni, Isabella“…The important regulatory mechanisms of these networks involve miRNAs. We developed an R/Bioconductor package, namely SpidermiR, which offers an easy access to both GRNs and miRNAs to the end user, and integrates this information with differentially expressed genes obtained from The Cancer Genome Atlas. …”
Publicado 2017
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467“…RESULTS: We introduce diceR (diverse cluster ensemble in R), a software package available on CRAN: https://CRAN.R-project.org/package=diceR CONCLUSIONS: diceR is designed to provide a set of tools to guide researchers through a general cluster analysis process that relies on minimizing subjective decision-making. …”
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468por López, Paulina, Castro, Andrea, Flórez, Martha, Miranda, Karen, Aranda, Pilar, Sánchez-González, Cristina, Llopis, Juan, Arredondo, Miguel“…The present study investigated the expression of microRNAs related to inflammation (miR-21 y miR-155) and iron nutrition (miR-122 and miR-200b) in plasma, peripheral blood mononuclear cells (PBMC) and spermatozoa from normozoospermic controls (Cn; n = 17; BMI: 24.6 ± 2.0) and obese (Ob; n = 17; BMI: 32.6 ± 4.4) men. …”
Publicado 2018
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469por Strani, Flavia, Profico, Antonio, Manzi, Giorgio, Pushkina, Diana, Raia, Pasquale, Sardella, Raffaele, DeMiguel, Daniel“…Then, we present two case studies to illustrate how MicroWeaR works. The first regards a Miocene great ape obtained from through environmental scanning electron microscope, and other a Pleistocene cervid acquired by a stereomicroscope.…”
Publicado 2018
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470“…The R-type pyocins are high-molecular weight bacteriocins produced by some strains of Pseudomonas aeruginosa to specifically kill other strains of the same species. …”
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471“…To address these limitations, we have developed a companion R package (MetaboAnalystR) based on the R code base of the web server. …”
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472“…Indeed, we demonstrated that the antidepressant effect of (2R,6R)-HNK is not as potent as that of its parent compounds ((R)-ketamine and (R,S)-ketamine), and that (2R,6R)-HNK is not essential for (R)-ketamine to exert its antidepressant effects. …”
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473Materias: “…R Package…”
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474por Li, Fanfan“…The expression of micro ribonucleic acid (miR)-124 and miR-126 in different stages of breast cancer (BC) and their correlation were investigated to analyze the role of miR-124 and miR-126 in the occurrence and development of BC. …”
Publicado 2019
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475por Gargaro, Marco, Scalisi, Giulia, Manni, Giorgia, Mondanelli, Giada, Grohmann, Ursula, Fallarino, Francesca“…The aryl-hydrocarbon receptor (AhR) is a ligand-activated transcription factor that mediates numerous cellular responses. …”
Publicado 2021
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476“…In the current article we present RandseqR: an R-package that combines the calculation of classic randomization measures and Recurrence Quantification Analysis. …”
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477“…The coefficient of determination R(2) quantifies the amount of variance explained by regression coefficients in a linear model. …”
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478“…RESULTS: Here, we introduce the ClineHelpR R-package for visualizing genomic clines and detecting outlier loci using output generated by two popular software packages, bgc and Introgress. …”
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479“…We developed MetaFetcheR, an open-source R package that links metabolite data from several small-compound databases, resolves inconsistencies, and covers a variety of use-cases of data fetching. …”
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