Materias dentro de su búsqueda.
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1302por Kılıç, Murat, Diamantis, Polydefkis, Johnson, Sophia K., Toth, Oliver, Rothlisberger, Ursula“…[Image: see text] The impact of an 8-oxoguanine (8oxoG) defect on the redox properties of DNA within the nucleosome core particle (NCP) was investigated employing hybrid quantum mechanical/molecular mechanics (QM/MM) molecular dynamics simulations of native and 8oxoG-containing NCP systems with an explicit representation of a biologically relevant environment. …”
Publicado 2023
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1303“…In the present contribution, formation and hydrolysis of glycine oligopeptides occurring on a cluster model of sanidine feldspar (001) surface have been simulated by quantum mechanical methods. Results indicate that the catalytic interplay between Lewis and Brønsted sites both present at the sanidine surface, in cooperation with the London forces acting between the biomolecules and the inorganic surface, plays a crucial role to: i) favour the condensation of glycine to yield oligopeptides as reaction products; ii) inhibit the hydrolysis of the newly formed oligopeptides. …”
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1304por Zhang, Xiaohua, Gibbs, Alan C., Reynolds, Charles H., Peters, Martin B., Westerhoff, Lance M.“…[Image: see text] Quantum mechanical semiempirical comparative binding energy analysis calculations have been carried out for a series of protein kinase B (PKB) inhibitors derived from fragment- and structure-based drug design. …”
Publicado 2010
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1305
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1306por Domínguez, Humberto J., Crespín, Guillermo D., Santiago-Benítez, Adrián J., Gavín, José A., Norte, Manuel, Fernández, José J., Hernández Daranas, AntonioEnlace del recurso
Publicado 2014
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1307por Zhang, Sixue, Ganguly, Abir, Goyal, Puja, Bingaman, Jamie L., Bevilacqua, Philip C., Hammes-Schiffer, Sharon“…This reaction is thought to occur by an acid–base mechanism involving the glucosamine-6-phosphate cofactor and G40 residue. Herein quantum mechanical/molecular mechanical free energy simulations and pK(a) calculations, as well as experimental measurements of the rate constant for self-cleavage, are utilized to elucidate the mechanism, particularly the role of G40. …”
Publicado 2014
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1308por Sodt, Alexander J., Mei, Ye, König, Gerhard, Tao, Peng, Steele, Ryan P., Brooks, Bernard R., Shao, Yihan“…[Image: see text] In combined quantum mechanical/molecular mechanical (QM/MM) free energy calculations, it is often advantageous to have a frozen geometry for the quantum mechanical (QM) region. …”
Publicado 2014
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1309por Wang, Chun-Hung, Duster, Adam W., Aydintug, Baris O., Zarecki, MacKenzie G., Lin, Hai“…We performed steered molecular dynamics (SMD) and umbrella sampling simulations of Cl(−) ion migration through the transmembrane domain of a prototypical E. coli CLC Cl(−)/H(+) antiporter by employing combined quantum-mechanical (QM) and molecular-mechanical (MM) calculations. …”
Publicado 2018
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1310por Mary, Y. Shyma, Mary, Y. Sheena, Resmi, K.S., Kumar, Veena S., Thomas, Renjith, Sureshkumar, B.Enlace del recurso
Publicado 2019
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1311por Diez-Cabanes, Valentin, Prampolini, Giacomo, Francés-Monerris, Antonio, Monari, Antonio, Pastore, Mariachiara“…Following this idea, here we focus on the comparison between general-purpose transferable force-fields (FFs), directly available from existing databases, and specific quantum mechanical derived FFs (QMD-FFs), obtained in this work through the Joyce procedure. …”
Publicado 2020
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1312por Maley, Steven M., Kwon, Doo-Hyun, Rollins, Nick, Stanley, Johnathan C., Sydora, Orson L., Bischof, Steven M., Ess, Daniel H.Enlace del recurso
Publicado 2020
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1313por Lizondo-Aranda, Paloma, Martínez-Fernández, Lara, Miranda, Miguel A., Improta, Roberto, Gustavsson, Thomas, Lhiaubet-Vallet, Virginie“…This behavior is amplified upon protonation of the etheno ring (εdCH(+)). Quantum mechanical calculations show that the lowest energy state ππ*1 is responsible for the fluorescence and that the main nonradiative decay pathway to the ground state goes through an ethene-like conical intersection, involving the out-of-plane motion of the C5 and C6 substituents. …”
Publicado 2021
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1315por Cahn, Sidney B.Tabla de Contenidos: “…Thermodynamics, statistical physics, and quantum mechanics.…”
Publicado 1997
Libro -
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