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4081“…RESULTS: BEAST version 1.4.6 consists of 81000 lines of Java source code, 779 classes and 81 packages. It provides models for DNA and protein sequence evolution, highly parametric coalescent analysis, relaxed clock phylogenetics, non-contemporaneous sequence data, statistical alignment and a wide range of options for prior distributions. …”
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4082“…We have also developed a Java applet that makes use of the aforementioned Perl package and allows the user to make simple experiments with phylogenetic networks without having to develop a program or Perl script by him or herself. …”
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4083“…It can be used as a command-line program, a web application, or a utility library. Source code in C, Java, and C#, and integration instructions for Perl and Python are provided. …”
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4084“…AVAILABILITY: The algorithms are implemented in JavaScript within the NCBI Influenza Virus Resource [1].…”
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4085“…RESULTS: MeDor was developed in Java and is freely available and downloadable at: . …”
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4086“…We recommend its incorporation to any computation of gene expression changes using high-density DNA microarrays. A Java application implementing our T-score is available at .…”
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4087por Cassano, Antonio, Manganaro, Alberto, Martin, Todd, Young, Douglas, Piclin, Nadège, Pintore, Marco, Bigoni, Davide, Benfenati, Emilio“…The first model has been implemented and inserted into the CAESAR on-line application, which is java-based software that allows everyone to freely use the models. …”
Publicado 2010
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4088“…MiRonTop is an online java web tool that integrates DNA microarrays or high-throughput sequencing data to identify the potential implication of miRNAs on a specific biological system. …”
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4089por Arshad, Saadia, Mumtaz, Asia, Ahmad, Freed, Liaquat, Sadia, Nadeem, Shahid, Mehboob, Shahid, Afzal, Muhammad“…The tools used for the development of software are Microsoft Office Access 2003, the JDK version 1.6.0, BioJava version 1.0, and the NetBeans IDE version 6.0. …”
Publicado 2010
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4090“…The online service and local packages of GPS-CCD 1.0 were implemented in JAVA and are freely available at: http://ccd.biocuckoo.org/.…”
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4091“…Availability: KEGGtranslator is freely available as a Java(™) Web Start application and for download at http://www.cogsys.cs.uni-tuebingen.de/software/KEGGtranslator/. …”
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4092“…AVAILABILITY: A program implemented in Java, Zinfandel, is available at http://www.cs.columbia.edu/~itsik/zinfandel/…”
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4093por Köhler, Sebastian, Bauer, Sebastian, Mungall, Chris J, Carletti, Gabriele, Smith, Cynthia L, Schofield, Paul, Gkoutos, Georgios V, Robinson, Peter N“…RESULTS: We show how automated reasoning over logical definitions of ontology terms can be used to improve ontology structure. We provide the Java software package GULO (Getting an Understanding of LOgical definitions), which allows fast and easy evaluation for any kind of logically decomposed ontology by generating a composite OWL ontology from appropriate subsets of the referenced ontologies and comparing the inferred relationships with the relationships asserted in the target ontology. …”
Publicado 2011
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4094por Hasan, Mohammad Shabbir, Liu, Qi, Wang, Han, Fazekas, John, Chen, Bernard, Che, Dongsheng“…GIST was implemented in Java, and was compiled and executed on Linux/Unix operating systems. …”
Publicado 2012
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4095por Francisco, Alexandre P, Vaz, Ctia, Monteiro, Pedro T, Melo-Cristino, José, Ramirez, Mário, Carrio, Joo A“…RESULTS: PHYLOViZ is platform independent Java software that allows the integrated analysis of sequence-based typing methods, including SNP data generated from whole genome sequence approaches, and associated epidemiological data. goeBURST and its Minimum Spanning Tree expansion are used for visualizing the possible evolutionary relationships between isolates. …”
Publicado 2012
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4096por Zhang, Lifeng, Berleant, Daniel, Wang, Yi, Li, Ling, Cook, Diane, Wurtele, Eve Syrkin“…CONCLUSIONS: BirdsEyeView is a software system available as a Java Webstart package for visualizing transcriptomic data in the context of different biological views to assist biologists in investigating experimental results. …”
Publicado 2012
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4097“…Ig-HTS-Cleaner and Ig-Indel-Identifier have been implemented in Java and saved as executable JAR files, supported on Linux and MS Windows. …”
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4098MODexplorer: an integrated tool for exploring protein sequence, structure and function relationships“…Website implemented in HTML and JavaScript with all major browsers supported. Contact: anna.tramontano@uniroma1.it Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online…”
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4099“…The articles’ records, published between 2002 and 2011, were downloaded from the Web of Science, and their keywords were exported by Java processing programs. The result shows that forest ecology studies focused on forest diversity, conservation, dynamics and vegetation in the last decade. …”
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4100“…We implement our approach for Java and evaluate it through a series of experiments.…”
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